关于在小孩舅的单位通过招标干工程所获利润是否合法的问题，核心结论在于：只要招标过程合法合规，且工程实施过程中遵守了相关法律法规，那么所获得的利润就是合法的，与是否为亲戚单位无关。以下从不同角度进行详细分析：
招标过程的合法性
招标流程合规：
- 招标过程必须遵循《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，确保招标公告的发布、投标文件的接收、开标、评标、中标等各个环节都公开、公平、公正。
- 如果招标过程存在违规行为，如内定中标者、泄露标底等，那么整个招标过程可能被视为无效，由此获得的工程合同也可能被撤销，进而影响利润的合法性。
投标资格审查：
- 投标者必须具备相应的资质和条件，如施工资质、人员配备、技术实力等。
- 如果投标者通过不正当手段获得投标资格，或者与招标单位存在利益输送等违规行为，那么中标结果可能被质疑，进而影响利润的合法性。
工程实施的合法性
合同履行：
- 中标后，必须按照招标文件和中标通知书的要求签订工程合同，并严格履行合同条款。
- 如果在工程实施过程中存在违约行为，如偷工减料、延误工期等，那么可能面临违约责任，甚至影响利润的合法性。
法律法规遵守：
- 工程实施过程中必须遵守相关的法律法规，如建筑法、安全生产法、环境保护法等。
- 如果存在违法行为，如未取得施工许可证擅自施工、违反安全生产规定导致事故等，那么可能面临行政处罚或刑事责任，进而影响利润的合法性。
亲戚关系的影响
- 亲戚关系本身不违法：与小孩舅的单位合作并不违反法律法规，关键在于合作过程中是否遵守了相关法律法规和招标程序。
- 避免利益输送：虽然亲戚关系本身不违法，但必须避免在招标、合同签订、工程实施等过程中存在利益输送等违规行为。如果存在此类行为，那么可能面临法律责任，进而影响利润的合法性。
建议与注意事项
- 确保招标过程合法合规：在参与招标前，应仔细研究招标文件和相关法律法规，确保投标过程合法合规。
- 严格履行合同条款：中标后，应严格按照合同条款履行义务，确保工程质量和进度。
- 遵守相关法律法规：在工程实施过程中，应遵守相关的法律法规和行业标准，确保工程安全和质量。
- 保持透明和公正：与亲戚单位合作时，应保持透明和公正的态度，避免存在利益输送等违规行为。
如果有任何关于招标、合同或工程实施方面的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。