当劳动仲裁已认定劳动关系，但用人单位仍不承认时，劳动者可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
强化证据收集与整理：
- 尽管劳动仲裁已经认定了劳动关系，但为了应对用人单位可能的否认，劳动者仍应整理并强化相关证据。这些证据包括但不限于：工资条、银行转账记录（显示工资发放）、社保缴纳记录、工作证或服务证、考勤记录（如打卡记录、考勤表）、工作邮件和聊天记录（涉及工作安排、任务分配等）、与公司负责人的沟通记录等。
- 同事的证言也是有力的辅助证据，尤其是那些在职或离职不久且与案件无利害关系的劳动者。他们的证言可以描述你在公司的工作情况，增强证据链的可信度。
依法申请强制执行或提起诉讼：
- 如果用人单位在劳动仲裁裁决后仍不承认劳动关系，且未履行裁决义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。法院将调查用人单位的财产状况，并采取查封、扣押、拍卖等措施，迫使它履行赔偿义务。
- 若对劳动仲裁结果不满意，或者用人单位在裁决后仍不履行义务，劳动者还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，劳动者有机会详细阐述自己的主张，并提供更多证据来支持自己的诉求。
关注后续权益保障：
- 即便成功认定劳动关系，劳动者仍需关注后续权益保障问题。例如，关于工资支付、经济补偿等计算标准十分关键。如果用人单位以各种理由少支付应得款项，劳动者应依法维护自己的权益。
- 劳动者还可以咨询专业律师（在这里就是我啦，张家玺律师，专注于公司事务、劳动纠纷等领域），以获取更具体的法律建议和支持。律师可以帮助劳动者分析案情，制定维权策略，并在必要时代表劳动者参与诉讼或仲裁程序。
在处理此类纠纷时，劳动者需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对用人单位的否认和可能的拖延战术，劳动者应保持冷静和理性，避免情绪化行为影响维权效果。
- 严格遵循法律程序：在维权过程中，劳动者应严格遵循法律程序，确保自己的行为合法合规。这有助于维护法律尊严和权威，也有助于提高维权的成功率和效率。
- 及时咨询专业律师：虽然我在这里可以提供一些基本的法律建议和支持，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，劳动者在处理此类纠纷时，应及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。
最后，我要强调的是： 劳动者的合法权益受法律保护。当面临用人单位不承认劳动关系的情况时，劳动者应积极收集证据、依法维权，并关注后续权益保障问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。