拆迁协议内容违法，当事人是可以起诉的。以下从不同角度为您详细分析：
一、起诉的法律依据
根据法律规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依法向人民法院提起诉讼。在拆迁过程中，若行政机关存在违法情形，如未依法进行公告、未按法定程序进行征收，或者拆迁协议内容本身违反法律法规强制性规定（如补偿标准严重低于法定标准、剥夺被拆迁人重要权利等），当事人均可通过行政诉讼来维护自身权益。
二、起诉的条件与准备
起诉条件：
- 原告应是与该行政行为有利害关系的公民、法人或其他组织；
- 要有明确的被告，通常为实施违法拆迁行为的行政机关；
- 要有具体的诉讼请求和事实根据，例如提供拆迁违法的相关证据；
- 并且要属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。
起诉准备：
- 收集证据：证据类型包括书证（如拆迁公告、相关政府文件、拆迁补偿方案文本、协议原件等）、视听资料（如拆迁过程中的谈判录音、录像，相关部门工作人员关于拆迁问题的讲话视频等）以及证人证言（若有其他在场人见证拆迁协议签订过程存在违法情况，可请其出具）。
- 撰写起诉状：明确诉讼请求，如确认协议无效、要求对方履行协议当中所规定的义务或要求赔偿因违法协议造成的损失等。
- 提交相关材料：向法院提交起诉状和相关证据材料，等待法院审查并立案受理。
三、起诉后的法律后果
若法院认定拆迁协议违法：
- 可能判决撤销协议、责令重新作出行政行为；
- 若因违法协议造成损失，法院可能判决给予相应赔偿。
诉讼时效：
- 若提起行政诉讼，依据《行政诉讼法》规定，直接向法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出（法律另有规定的除外）。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，法院不予受理。
- 若作为民事合同纠纷提起民事诉讼（如拆迁协议被认定为民事合同），根据《民法典》，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但自权利受到损害之日起超过二十年的，法院一般不予保护。
四、建议与注意事项
- 保持冷静：面对拆迁协议违法的情况，当事人应保持冷静，避免采取过激行为。
- 增强法律意识：了解相关法律法规和政策，以便更好地保护自己的合法权益不受侵犯。
- 及时主张权利：当事人在维权时务必留意相应时效规定，及时主张权利，避免因超过时效而影响自身权益。
总结：拆迁协议内容违法时，当事人完全有权通过法律途径来维护自己的合法权益。在起诉过程中，务必准备好相关证据，明确诉讼请求，并遵循法定的诉讼时效规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。