章程中规定未经其中两名股东同意不得变更总经理人选，该条款的有效性需结合具体情况分析，但一般而言，若该条款不违反法律法规的强制性规定，且符合公司章程制定和修改的程序要求，则可能是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律层面分析
公司自治原则：
- 根据《公司法》的相关规定，公司有权通过公司章程自主规定公司的组织架构、管理方式等事项。因此，公司章程中规定总经理人选的变更程序，属于公司自治的范畴。
- 若该条款未违反法律法规的强制性规定（如未侵犯股东的基本权利、未违反公司治理的基本原则等），则该条款在法律上是可能被认定为有效的。
股东权利保护：
- 股东作为公司的投资者，享有参与公司重大决策的权利。然而，这种权利并非绝对，而是需要在公司自治和股东权利保护之间找到平衡。
- 若章程中的规定过于苛刻，导致股东无法合理行使权利，或者该规定被用于损害股东利益，则可能因违反公平、公正原则而被认定为无效。但在此案例中，仅从条款本身看，并未直接体现对股东权利的侵犯。
二、章程制定和修改程序分析
制定程序：
- 公司章程的制定需遵循法定程序，包括但不限于股东会或股东大会的审议和通过。若该条款在制定时未经合法程序审议通过，则可能因程序瑕疵而被认定为无效。
修改程序：
- 同样，若公司章程后续需要修改该条款，也需遵循法定程序。未经合法程序修改的条款，同样可能因程序瑕疵而被认定为无效。
- 假设该条款已经通过合法程序制定并修改，且未违反法律法规的强制性规定，则该条款在程序上是有效的。
三、实际操作层面分析
条款的可执行性：
- 除了法律和程序层面的分析外，还需考虑条款的实际可执行性。若该条款在实际操作中难以执行（如两名股东长期无法达成一致意见），则可能影响公司的正常运营。
- 然而，这并不直接导致条款的法律无效性，而是可能引发公司内部的治理冲突或需要寻求其他解决方案。
公司治理的灵活性：
- 公司治理需要一定的灵活性以适应市场变化和公司发展需求。过于僵化的条款可能限制公司的决策效率和市场响应能力。
- 因此，在制定公司章程时，应充分考虑条款的灵活性和可调整性，以避免因条款过于苛刻而影响公司的长期发展。
法律建议
审查章程条款：
- 建议公司定期审查公司章程中的条款，确保其符合法律法规的要求和公司治理的实际需要。
完善决策机制：
- 考虑在公司章程中设置更为灵活和高效的决策机制，以应对可能出现的治理冲突和决策难题。
寻求法律支持：
- 若对公司章程中的条款存在疑问或争议，建议及时寻求专业法律支持，以确保公司的合法权益得到保障。
若您对公司章程的制定、修改或执行过程中有任何疑问，或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。