在房屋征收过程中，确定评估公司是否合法，可以从以下几个方面进行综合判断：

1. 评估机构和评估人员的资格：

   • 根据《房地产评估机构管理办法》的相关规定，房地产估价机构需在其资质等级许可的范围内从事估价业务。例如，暂定期内的三级资质房地产估价机构不得从事城镇房屋拆迁房地产估价业务。因此，要确认评估机构是否取得相应级别的资质证书，并在其资质等级许可范围内从事业务。
   • 同时，以评估机构名义开展评估活动并出具评估报告的评估师，应当经过登记注册，取得注册房地产估价师证书。这是确保评估人员具备专业能力和资格的重要步骤。

2. 评估机构的选择方法：

   • 根据《国有土地上房屋征收评估办法》的规定，房地产价格评估机构应由被征收人协商选择；协商不成的，通过多数决定或者随机选定来确定。这意味着，协商自主选择是法定的方式，以前由征收人指定的做法是不具有合法性的。因此，要确认评估机构的选择是否遵循了这一法定程序。

3. 评估报告的内容和形式：

   • 评估机构在出具评估报告时，应坚持客观、公正、独立的原则，不受任何第三方的不法干扰。评估方法应符合市场比较等估价方法，并符合《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关要求，即“对被征房屋价值的征收补偿，不得低于房屋征收决定公告之日与被征收房屋类似房地产的市场价格”。
   • 评估报告的内容应详细、准确，包括被征收房屋的基本情况、评估方法、评估结果等。形式上，评估报告应加盖评估机构的公章，并由负责房屋征收评估项目的两名以上评估师签字。

4. 评估报告的产生程序：

   • 评估机构接受委托后，应依次进行实地查勘、形成记录，并让房屋征收部门、被征收人和注册房地产评估师签字或者盖章；提供分户的初步评估结果并进行公示；向房屋征收部门提供委托评估范围内被征收房屋的整体评估报告和分户评估报告；对被征收人或房屋征收部门提出的疑问进行解答；对提出评估复核请求的，应当告知评估结果。未按上述流程操作而产生的评估结果是具有程序瑕疵的。

5. 评估报告的有效期限：

   • 通常情况下，评估报告的有效期是一年。期限届满后，评估报告自动失效。因此，要确认评估报告是否在有效期内，以避免使用过期的评估报告。

6. 分户评估报告的送达：

   • 将分户评估报告送达被征收人是必经程序。若不进行送达，不但损害当事人的知情权，也实际上剥夺了其提出异议的权利。因此，要确认是否已将分户评估报告送达给被征收人。

在实际操作中，如果发现评估公司存在不合法的情形，如未取得相应资质、选择方法不合法、报告内容和形式不符合规定、产生程序存在瑕疵、报告超期或未送达等，被征收人有权提出异议，并可以寻求法律途径维护自己的合法权益。

如有任何关于房屋征收评估公司合法性的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。