结论是：国企员工因失职造成50万损失，即便员工自然补偿了50万，仍有可能需要立案，具体是否立案需结合案件具体情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

一、立案的法律依据

根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》，国有企业人员失职罪的立案标准主要包括：

1. 致使国家直接经济损失数额在五十万元以上：这里的“国家直接经济损失”指的是与行为人失职行为有直接因果关系的财产损毁、减少的实际价值。即便员工已经自然补偿了50万，但如果这50万损失确实是由其失职行为直接导致的，且该损失数额达到了立案标准，那么司法机关仍有权依法启动刑事追诉程序。

2. 造成有关单位破产、停业、停产一年以上，或者被吊销许可证和营业执照、责令关闭、撤销、解散：如果员工的失职行为导致了这些严重后果，即便经济损失未达五十万元，也可能构成立案条件。

3. 其他致使国家利益遭受重大损失的情形或造成恶劣影响的：这是一个兜底条款，旨在涵盖实践中各种复杂多样但同样对国家利益造成重大损害的失职情况。

二、自然补偿与立案的关系

员工自然补偿50万，并不意味着就可以免除其可能面临的刑事责任。自然补偿是员工对其失职行为所造成经济损失的一种民事赔偿方式，而立案追诉则是司法机关对涉嫌犯罪行为的一种刑事司法行为。两者性质不同，互不替代。

三、是否立案的综合判断

在决定是否立案时，司法机关会综合考虑多个因素，包括但不限于：

• 失职行为的性质与严重程度：如是否属于故意或重大过失，是否违反了公司规章制度或国家法律法规等。
• 损失数额与后果：如是否达到了立案标准所规定的数额，是否造成了有关单位破产、停业等严重后果。
• 员工的认罪态度与赔偿情况：如员工是否承认失职行为，是否积极赔偿损失等。这些因素虽然可能影响量刑，但并不影响立案的本身。

四、建议与后续行动

1. 员工应积极配合调查：如果员工确实涉嫌失职罪，应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。

2. 寻求法律帮助：员工可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以为员工提供法律意见和辩护服务。

3. 关注案件进展：员工应关注案件的进展情况，及时了解司法机关的处理结果。如果对处理结果有异议，可以依法提出申诉或上诉。

如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更准确的法律意见和指导。