当有抵押的房产被判给第三方时，抵押权的处理是一个涉及法律权益和程序的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、抵押权的基本法律原则
首先，需要明确的是，抵押权作为一种担保物权，具有追及效力。这意味着，即使抵押物（如房产）的所有权发生转移，抵押权人的权益通常不受影响。换句话说，抵押权不因抵押物所有权的转让而自动消灭。
二、房产判给第三方后的处理流程
判决生效与产权变更：
- 当法院判决抵押房产归第三方所有时，首先需确认判决已生效。
- 判决生效后，第三方有权要求办理房屋产权变更登记手续，以获得完整产权。
抵押权的影响与处理：
- 尽管房产所有权已转移，但抵押权依然有效。抵押权人（如银行或其他债权人）有权继续主张其抵押权。
- 第三方作为新的房产所有者，需认识到抵押权的存在，并可能因此受到一定限制，如无法自由处置房产直至抵押权解除。
协商与解决方案：
- 面对房产所有权转移和抵押权并存的情况，双方（原房产所有者与第三方）应积极协商解决方案。
- 可能的解决方案包括：用其他财产替代抵押房屋履行债务、制定合理的还款计划以逐步清偿债务并消除抵押，或者通过其他方式达成妥协。
强制执行与法律程序：
- 如果协商不成，抵押权人可能申请强制执行，要求处置抵押房屋以实现其债权。
- 在此过程中，原房产所有者和第三方均有权主张自身的合法权益，如有异议，可通过法定程序（如提出执行异议、申请再审等）进行解决。
三、实际操作中的注意事项
- 遵守法律法规：在处理抵押房产判给第三方的问题时，必须严格遵守国家相关房地产交易法律法规以及各类操作流程。
- 保护各方权益：在协商和解决方案制定过程中，应充分考虑并保护抵押权人、原房产所有者和第三方的合法权益。
- 及时沟通与协商：面对复杂情况，及时沟通与协商是解决问题的关键。各方应保持开放态度，寻求共赢的解决方案。
四、案例分析
以您提供的案例为例，小朱因债务问题将自己的房子抵押给小李，并办理了抵押登记。后法院判决该抵押房子归小李所有。在此情况下，小李作为新的房产所有者，需认识到抵押权的存在，并可能与小朱协商解决方案，如用其他财产替代抵押房屋或制定还款计划。如果协商不成，小李可能申请强制执行处置房屋，而小朱则有权主张自身合法权益，如有异议可通过法定程序解决。
综上所述，当有抵押的房产被判给第三方时，抵押权依然有效，且各方应积极协商解决方案以保护各自的合法权益。