合作协议申请离职后是否有效，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议有明确离职效力条款的情况

若合作协议中明确约定了离职为协议终止的条件，那么一旦您申请离职并获得批准，协议自然失效。这种情况下，双方无需再履行协议中的义务，除非协议中有其他特别约定（如离职后的保密义务、竞业限制等）。

举例：假设您与合作伙伴签订了一份合作协议，其中明确规定“若一方离职，则本协议自动终止”。那么，当您申请离职并获得批准后，该协议即告失效。

二、协议无明确离职效力条款的情况

1. 协议继续有效：若合作协议中未明确约定离职为协议终止的条件，且协议本身不存在违反法律法规强制性规定、违背公序良俗等导致合同无效的情形，那么协议在您离职后通常继续有效。双方需按照协议约定履行各自的义务，如保密义务、竞业限制义务等。

举例：您与合作伙伴签订了一份合作协议，但协议中并未提及离职后的效力问题。在这种情况下，即使您离职，协议仍然有效，您仍需履行协议中约定的保密义务。

1. 一方不履行主要义务或违约：若您离职后以自己的行为表明不履行协议中的主要义务，或存在违约行为致使合同目的无法实现，那么另一方有权依法解除协议。此时，协议的效力将因您的违约行为而受到影响。

举例：假设您与合作伙伴签订了一份合作协议，约定您需在离职后继续为项目提供技术支持。但您离职后却拒绝提供技术支持，导致项目无法顺利进行。在这种情况下，合作伙伴有权依法解除协议。

三、法律建议与后续行动

1. 审查协议条款：在申请离职前，建议您仔细审查合作协议中的相关条款，特别是关于离职后协议效力的约定。这有助于您明确自己的权利和义务，避免后续产生争议。

2. 协商解决：若您与合作伙伴就离职后协议的效力问题产生争议，建议首先通过协商的方式解决。双方可以就协议的履行、终止等事宜进行友好沟通，寻求共识。

3. 法律途径：若协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议。这包括向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。在法律程序中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张。

最后，合作协议申请离职后的效力问题并非简单的是非题，而是需要根据协议的具体约定和法律规定来综合判断。若您在此方面遇到困惑或争议，欢迎随时向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。