在刑事案件中，若第三人的车辆被扣押，可按以下方式处理：

1. 确认扣押主体与程序合法性
   首先需明确扣押车辆的是公安机关、检察院还是法院，并核查扣押程序是否符合《刑事诉讼法》规定。例如，扣押是否出具了合法手续（如扣押决定书、清单），是否与案件直接相关（如车辆是否为作案工具、赃物或涉案证据）。若程序违法，可依法提出异议。

2. 区分车辆性质与权利归属

   • 若车辆确属第三人所有（如租赁、借用或合法购买但未过户）：需提供购车合同、付款凭证、行驶证等证明材料，向办案机关主张权利。根据《刑事诉讼法》第145条，对查封、扣押的财物与案件无关的，应在3日内解除查封、扣押并退还。
     
   • 若车辆涉及案件但权属存疑（如共同财产、挂靠车辆）：需通过法律程序明确权属，例如提起民事确权之诉，或要求办案机关中止处理直至权属清晰。

3. 提出异议的途径

   • 书面申请：向扣押机关提交《解除扣押申请书》，附上权属证明及法律依据，要求返还车辆。
     
   • 复议或申诉：若申请被拒，可向上一级机关申请复议（如对公安局扣押不服，可向其上级公安机关或同级检察院申请监督）。
     
   • 国家赔偿：若扣押行为被确认违法且造成损失，可依据《国家赔偿法》主张赔偿。

4. 特殊情形处理

   • 车辆被用于犯罪但第三人不知情：若第三人能证明对车辆被用于犯罪无过错（如未参与犯罪、无故意或重大过失），可主张返还。
     
   • 车辆为租赁公司所有：租赁公司需提供租赁合同、客户身份信息等，证明对承租人犯罪行为不知情，要求解除扣押。

建议行动步骤：

1. 立即联系办案机关，要求出具扣押清单及法律依据；
   
2. 收集车辆权属证明（如购车发票、登记证书）；
   
3. 委托律师介入，通过法律程序主张权利；
   
4. 定期跟进案件进展，确保扣押期限合法（一般不超过侦查阶段）。
   

若车辆被扣押导致经营或生活困难，可同时主张因扣押造成的合理损失（如租赁替代车辆的费用）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。