发行专项债资金回购存量土地是合法的，但需严格遵循相关规定和程序。以下是对此问题的详细分析：

一、政策背景与依据

自然资源部发布了《关于运用地方政府专项债券资金收回收购存量闲置土地的通知》（自然资发〔2024〕242号），明确指出要积极运用地方政府专项债券资金加大收回收购存量闲置土地力度，以促进房地产市场平稳健康发展。这一政策为发行专项债资金回购存量土地提供了明确的法律依据和政策支持。

二、回购主体与程序

1. 回购主体：使用专项债券资金用于收回收购土地，应由纳入名录管理的土地储备机构具体实施。这意味着，只有符合条件的土地储备机构才有权使用专项债资金进行土地回购。

2. 回购程序：

   • 地块筛选与项目储备：各地要提高政治站位，主动担当作为，积极做好地块筛选和项目储备工作。
   • 价格评估与决策：土地储备机构需委托经备案的土地估价机构对拟收回收购地块开展土地市场价格评估，并依据市场形势、合同履约情况等因素集体决策确定基础价格下调幅度。
   • 协商与公示：经与土地使用权人协商一致并经公示无异议后，报市、县人民政府批准确认。
   • 资金管理与使用：专项债券额度、使用、管理等有关要求需按照相关规定执行，确保资金使用的合规性和有效性。

三、回购范围与限制

1. 优先回购范围：优先收回收购企业无力或无意愿继续开发、已供应未动工的住宅用地和商服用地。这有助于减少市场存量土地规模，改善土地供求关系。

2. 其他回购范围：其他用途的土地，如进入司法或破产拍卖、变卖程序的土地，因低效用地再开发或基础设施建设等需要收回的土地，以及已动工地块中规划可分割暂未建设的部分，也可以纳入收回收购范围。

3. 回购后供应限制：收回收购的土地原则上当年不再供应用于房地产开发。确有需求的，应当严控规模，优化条件实施供应，并在落实“五类调控”的同时，供应面积不得超过当年收回收购房地产用地总面积的50%。这一限制旨在防止房地产市场过热，保障市场平稳健康发展。

四、法律风险与防范

在运用政府专项债券资金收回收购存量闲置土地的过程中，涉及部门多、利益协调难度大。因此，各级自然资源主管部门需加强与发展改革、财政、司法、税务等相关部门的沟通协调，形成工作合力。同时，要严守土地政策红线底线，妥善处理好土地债权债务关系，保障土地使用权人和抵押权人合法权益，防范廉政风险和道德风险。

行动建议：

• 若您或您的机构计划发行专项债资金回购存量土地，建议首先详细了解并遵循自然资源部发布的相关通知和政策要求。
• 确保回购主体（土地储备机构）符合名录管理条件，并严格按照规定的程序进行地块筛选、价格评估、协商公示等步骤。
• 在回购过程中，注意与相关部门的沟通协调，确保合规性和有效性，并防范潜在的法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。