员工违反保密协议，在符合一定条件下，是可以追究合作公司损失的，但通常更直接的是追究违反保密协议员工的责任。以下从几个角度详细分析这个问题：
一、员工违反保密协议的法律责任
民事责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定（原《中华人民共和国民法总则》第五百八十四条已纳入其中），违约方应赔偿守约方因违约造成的全部损失，包括预期收益，但赔偿不应超过违约方预见或应预见的最大损失。这意味着，如果员工违反了保密协议，给公司造成了损失，公司有权要求员工赔偿这些损失。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第九十条也明确规定，劳动者违反劳动合同中约定的保密义务，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
赔偿范围：
- 赔偿范围通常包括公司因员工违约行为而遭受的实际损失，以及可能获得的预期收益。但需要注意的是，赔偿额度不能超过违约方在当初拟订合同时已经预见或者是应当预见到的有关其违约行为可能会引发的最大损失。
二、追究合作公司损失的可能性
直接关联性：
- 通常情况下，员工违反保密协议直接损害的是其所在公司的利益，而非合作公司。因此，直接追究合作公司的损失可能缺乏法律上的直接关联性。
特殊情况：
- 如果员工违反保密协议的行为同时导致了合作公司的损失，并且这种损失与员工的违约行为有直接的因果关系，那么在某些情况下，公司可能尝试通过法律途径追究相关责任。但这通常需要复杂的法律分析和证据支持。
- 例如，如果员工将公司的商业秘密泄露给了合作公司，并且合作公司利用这些秘密进行了不正当竞争或损害了原公司的利益，那么原公司可能有权要求合作公司承担相应的法律责任。但这种情况下的法律责任追究往往比较复杂，需要具体分析。
三、实际操作中的建议
完善保密协议：
- 公司应确保保密协议的内容完善、明确，并详细规定违约责任和赔偿范围。这样，在员工违反保密协议时，公司可以更有依据地追究其责任。
收集证据：
- 在追究员工责任或尝试追究合作公司责任时，公司应收集充分的证据来证明员工的违约行为以及由此造成的损失。这包括但不限于书面证据、电子数据、证人证言等。
法律途径：
- 如果员工违反保密协议并给公司造成了损失，公司可以通过法律途径（如诉讼或仲裁）来追究员工的责任。在特殊情况下，如果合作公司也涉及其中并造成了损失，公司也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
总结与建议：员工违反保密协议时，公司通常更直接地追究员工的责任。在符合一定条件下，如存在直接因果关系且证据充分时，公司也可能尝试追究合作公司的责任。但无论如何，公司都应完善保密协议、收集证据，并在必要时通过法律途径来维护自己的权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。