针对您提出的“未经依法批准的土地征地协议有法律效果吗”以及“约定的相关补偿费用应当如何补偿”这两个问题，结合您提供的参考信息，我将给出详细且深入的解答。
一、未经依法批准的土地征地协议的法律效果
根据最高法院的判例（潭头村二组诉栾川县政府等履行行政补偿职责案），未经依法批准的土地征地协议不产生将集体土地征收为国有土地的法律效果。这意味着，如果征地协议在签订时并未获得具有法定职权的机关对征收集体土地的批准，那么该协议并不能使集体土地转变为国有土地。换句话说，这样的协议在法律上是不具备完全效力的，特别是它不能作为土地所有权转移的依据。
二、约定的相关补偿费用的补偿方式
关于征地协议中约定的相关补偿费用应当如何补偿，这主要取决于实际被征收的土地情况以及补偿费用的支付规定。
补偿费用的支付依据：
- 补偿费用的支付应以实际被征收的土地为准。这意味着，如果征地协议中约定的土地面积与实际被征收的土地面积不符，那么补偿费用也应相应调整。
补偿费用的分配原则：
- 根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》的相关规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
- 征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由其管理和使用。
实际案例中的补偿情况：
- 在潭头村二组诉栾川县政府等案中，虽然征地协议中约定了土地征收的面积和补偿的金额，但由于当时尚无具有法定职权的机关批准征收，因此协议并未产生将集体土地征收为国有土地的法律效果。
- 实际上，栾川县政府已通过潭头镇政府将案涉土地补偿费及安置补助费支付给了潭头村村委会，并由村委会进行了分配。这表明，在实际操作中，补偿费用的支付是遵循了相关法律法规和协议约定的。
三、总结与建议
对于征地协议：
- 在签订征地协议前，必须确保已经获得了具有法定职权的机关对征收集体土地的批准。否则，该协议在法律上可能不具备完全效力。
对于补偿费用：
- 补偿费用的支付应以实际被征收的土地为准，并遵循相关法律法规和协议约定的分配原则。
- 如果在实际操作中遇到补偿费用支付或分配的问题，建议及时咨询专业律师或相关政府部门，以确保自身权益得到保障。
综上所述，未经依法批准的土地征地协议在法律上不具备将集体土地征收为国有土地的效力，而约定的相关补偿费用应以实际被征收的土地为准进行支付和分配。