在政府主导的拆迁中起诉时，若政府直接作出了相关行政行为且该行为侵害了您的合法权益，则应将政府列为被告。以下是对此问题的详细分析：
一、政府可能成为被告的情形
直接作出房屋拆迁决定：
- 政府基于城市建设规划、公共利益需求等原因，有权直接作出房屋拆迁决定。若该决定存在公共利益界定不清晰、违反法定程序等问题，您可将作出决定的人民政府列为被告提起行政诉讼。
房屋拆迁补偿安置裁决：
- 当拆迁人与您就补偿方式、补偿金额等事项协商不成时，政府作为拆迁管理部门可作出补偿安置裁决。若您对裁决不服，如认为补偿标准过低，可将作出裁决的人民政府作为被告起诉。
组织实施强制拆迁行为：
- 政府若直接组织相关部门实施强制拆迁，必须遵守法定程序。若强制拆迁行为违反法定程序或缺乏合法依据，您可将政府作为被告提起行政诉讼，要求确认行为违法并寻求赔偿。
违法收回国有土地使用权：
- 房屋附着于国有土地之上，政府若违法收回国有土地使用权，将直接影响您的房屋权益。若您认为政府随意收回土地使用权侵犯了您的权益，可将作出收回决定的人民政府列为被告。
对拆迁管理工作的不作为：
- 政府负有监督管理本行政区域内房屋拆迁工作的职责。若政府未对您的合理诉求作出回应或采取有效措施，您可将政府列为被告提起行政诉讼，要求履行法定职责。
政府下属机构或临时性组织的行政行为：
- 政府下属的“拆迁办公室”、由政府或土地管理局成立的临时性组织（如“拆迁指挥部”）以及政府专门成立的土地储备中心等，在拆迁过程中若同时承担拆迁人角色并作出相关行政决定，政府也可能因此成为行政诉讼的被告。
二、确定被告的法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益时，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在拆迁行政诉讼中，被诉方就是作出该行政行为的行政机关。同时，根据“谁行为，谁被告”的原则，若政府直接作出了相关行政行为且该行为侵害了您的合法权益，则政府应作为被告。
三、建议与注意事项
收集证据：
- 在提起行政诉讼前，您应收集相关证据，如拆迁决定、补偿安置裁决、强制拆迁行为的相关资料等，以证明政府的行政行为侵害了您的合法权益。
咨询专业律师：
- 虽然我作为专业律师已经给出了详细的解答，但拆迁行政诉讼涉及复杂的法律问题和程序，因此，在提起诉讼前，建议您进一步向我咨询，以确保您的权益得到充分保障。
注意诉讼时效：
- 提起行政诉讼应注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，您应在知道或应当知道政府作出行政行为之日起六个月内提起诉讼。逾期未提起诉讼的，可能会丧失胜诉权。
遵循法定程序：
- 在提起行政诉讼时，您应遵循法定程序，如提交起诉状、缴纳诉讼费用等。同时，您也应积极配合法院的审理工作，如出庭应诉、提供证据等。
综上所述，若政府在拆迁过程中直接作出了相关行政行为且该行为侵害了您的合法权益，则您应将政府列为被告提起行政诉讼。在提起诉讼前，建议您收集相关证据并咨询专业律师的意见。