抵房协议中约定“协议签订视为甲方已支付给乙方材料款”的条款，在符合法律规定的情况下是有效的，但房屋已不存在的情况会影响协议的实际履行和效力认定。以下从不同角度进行分析：

一、协议条款的有效性

1. 形式要件：

   • 抵房协议作为合同的一种，应当具备书面形式，明确双方的权利义务、抵款房屋的基本情况（如位置、面积、产权状况等）以及“协议签订视为支付”等关键条款。
   • 若协议缺乏这些基本要素，可能导致条款无效或协议整体无效。

2. 实质要件：

   • 抵款行为应不违反法律法规的强制性规定。例如，抵款房屋不得存在产权纠纷、不得被查封或抵押给第三方等。
   • 双方应具有相应的民事行为能力，即能够理解并承担协议约定的权利和义务。
   • 若协议存在显失公平（如房屋价值远低于材料款）、欺诈、胁迫等情形，可能导致协议无效或可撤销。

3. “视为支付”条款的效力：

   • 该条款本质上是双方对支付方式的一种约定，即通过签订协议来替代实际的资金流转。
   • 在符合上述形式要件和实质要件的情况下，该条款是有效的，对双方具有法律约束力。

二、房屋已不存在的影响

1. 协议的实际履行：

   • 若房屋已不存在（如被拆除、灭失或产权已转移给他人），则协议中关于抵款房屋的部分无法履行。
   • 这可能导致乙方无法获得协议约定的房屋，进而影响其材料款的回收。

2. 协议的效力认定：

   • 房屋的不存在可能构成协议履行的障碍，但不一定直接导致协议无效。
   • 若房屋的不存在是由于甲方的过错（如擅自处分房屋），则甲方可能构成违约，应承担相应的违约责任。
   • 若房屋的不存在是由于不可抗力或其他非甲方原因，则双方可能需要根据协议约定或法律规定协商解决。

三、法律建议

1. 审查协议条款：

   • 双方应仔细审查抵房协议的条款，确保其符合法律规定的形式要件和实质要件。
   • 特别关注“视为支付”条款的表述是否清晰、明确，以及房屋的基本情况是否准确无误。

2. 核实房屋状况：

   • 在签订协议前，乙方应核实房屋的存在状况、产权状况以及是否存在其他权利限制。
   • 若可能，可以要求甲方提供房屋的产权证明、查封证明等相关文件。

3. 协商解决或诉讼：

   • 若房屋已不存在，双方应首先尝试协商解决，如修改协议条款、提供其他替代物等。
   • 若协商不成，乙方可以根据协议约定或法律规定向法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任或赔偿损失。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份抵房协议，约定甲方以某处房屋抵付乙方的材料款，并在协议中明确“协议签订视为甲方已支付给乙方材料款”。若在协议签订后，发现该房屋已被甲方擅自处分给他人，导致乙方无法获得房屋。此时，乙方可以依据协议约定向法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任或赔偿因无法获得房屋而造成的损失。