公司以绩效考核不合格为由扣薪，一般是不合法的，但存在特定合法情形。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
- 劳动合同或规章制度有明确约定
- 若劳动合同中明确规定，在业绩不达标时，用人单位可以根据规章制度扣减工资，且该规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），同时向劳动者公示或告知（例如组织员工学习、在公司内部公告栏公示等），那么在这种情况下，公司可以按照约定扣减工资。
- 扣减额度限制：扣减工资应在合理范围内，一个月扣工资不能超过当月工资的20%，并且扣除后的剩余部分不得低于当地最低工资标准。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。例如，员工当月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，那么公司最多扣减1000元（5000×20%），扣除后员工工资不得低于2000元。
- 员工行为造成单位财产损失且有约定
- 如果员工的行为造成单位的财产损失，并且双方在劳动合同中有明确的约定，单位可以对其进行适当扣工资，但同样扣除后的工资不能低于当地的最低工资标准或者是原工资的百分之八十。比如，员工因工作失误给公司造成了2000元的经济损失，劳动合同中约定此类情况可从工资中扣除部分金额作为赔偿，且扣除后工资不低于最低标准，那么公司可以在合理范围内扣减工资。
不合法情形
- 无明确约定或规章制度不合法
- 如果劳动合同或公司规章制度中未对绩效不达标时的工资扣减进行明确约定，或者规章制度未经过民主程序制定，也未向劳动者公示或告知，用人单位单方面扣除工资就是违法的。例如，公司突然以员工绩效不达标为由扣减工资，但之前从未在合同或规章制度中提及此事，也未组织员工学习相关制度，这种做法就不合法。
- 考核标准不明确或不合理
- 绩效考核标准应清晰明确，设定的标准应具有可实现性。如果标准模糊不清或过高至无法实现，以此为依据扣减工资是不合法的。比如，公司规定员工每月必须完成100万元的销售业绩，但根据市场情况和员工能力，这个目标几乎不可能达成，然后以员工未完成业绩为由扣减工资，这就是不合理的。
- 考核过程不公正、不透明
- 绩效考核过程应公平、公正、透明。如果存在偏见、考核数据不准确或不允许员工申诉等情况，基于这样的考核结果扣减工资是不合法的。例如，公司领导凭个人喜好给员工打低分，导致员工绩效不达标被扣工资，而员工没有申诉渠道，这种做法就不合法。
- 扣减后工资低于最低标准
- 即使劳动合同或公司规章制度中有相关约定或规定，扣减后的工资也不得低于当地最低工资标准。否则，这种扣减行为是违法的。比如，员工当月工资为3000元，当地最低工资标准为2500元，公司扣减了1000元后，员工工资只剩2000元，低于最低工资标准，这就是违法的。
劳动者权益保护措施
如果您认为公司的扣工资行为不合法，可以采取以下措施维护自身权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司进行沟通，表达自己对扣工资的不满和理由，要求公司说明扣工资的具体依据和合理性。
- 收集证据：保存好劳动合同、工资单、绩效考核表（如果有）、与公司的沟通记录（如邮件、短信等）等相关证据，以证明公司扣工资的行为不合法。
- 向劳动监察部门投诉：可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为，劳动监察部门会进行调查并责令公司改正。
- 申请劳动仲裁：如果投诉无果，可以向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请，要求公司支付被扣减的工资及相应的经济补偿。
希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。