《保障农民工工资支付条例》的处罚执行部门根据违法主体和违法情形不同，主要由人力资源社会保障行政部门和有关行业工程建设主管部门负责，具体如下：

1. 人力资源社会保障行政部门
   根据《保障农民工工资支付条例》第七条，人力资源社会保障行政部门负责保障农民工工资支付工作的组织协调、管理指导和农民工工资支付情况的监督检查，查处有关拖欠农民工工资案件。若用人单位存在克扣、无故拖欠农民工工资，或未按规定开设工资专用账户、未存储工资保证金等违法行为，由该部门责令限期改正，逾期不改正的，可处以罚款。

2. 有关行业工程建设主管部门
   根据条例第五十六条，若建设单位未依法提供工程款支付担保、未按约定及时足额拨付人工费用，或施工总承包单位未按规定开设或使用工资专用账户、未存储工资保证金等，由有关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处以罚款。例如，住建部门负责建筑领域，交通部门负责交通工程领域等。

其他部门协作：
若违法行为涉嫌构成拒不支付劳动报酬罪，人力资源社会保障行政部门会依法移送公安机关追究刑事责任；若涉及政府投资项目，发展改革、财政等部门需按职责监督资金拨付情况。

建议：
若您遇到工资拖欠问题，可先向当地人力资源社会保障行政部门（如劳动监察大队）投诉，或根据项目类型向行业主管部门反映。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理流程。