针对您提出的“刑事判决贷款由实际用款人还款，民事合同怎么办”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、借款人的确定
在涉及名义借款人与实际借款人的情况下，借款人的确定是关键。根据《民法典》的相关规定，特别是第九百二十五条和第九百二十六条关于间接代理的规定，我们可以这样处理：
如果出借人在签订借款合同时知道或应当知道名义借款人与实际借款人之间的代理关系：
- 借款合同将直接约束实际借款人与出借人。
- 除非出借人有确切证据证明借款合同只约束名义借款人，否则应认定实际借款人为借款合同当事人。
如果出借人对代理关系不知情：
- 应认定名义借款人为借款人。
- 但若名义借款人披露了实际借款人，出借人有权选择名义借款人或实际借款人作为相对人。
二、借款合同的效力
当实际借款人被认定贷款诈骗犯罪时，这并不意味着借款合同必然无效。在认定合同效力时，我们应依据《民法典》中关于民事法律行为效力的规则来判断：
- 可撤销合同：根据《民法典》第一百四十八条关于欺诈的规定，贷款诈骗犯罪场合下的借款合同应被认定为可撤销合同。
- 合同效力与刑事判决的独立性：刑事判决认定实际借款人构成贷款诈骗犯罪，并不当然意味着民事诉讼也必须认定借款合同就发生在出借人和实际借款人之间。民事诉讼中借款合同的当事人认定仍需依据《民法典》的相关规定。
三、名义借款人的责任与刑事责任的协调
如果合同关系被认定在实际借款人和出借人之间：
- 名义借款人不是合同当事人，无需承担借款合同项下的责任。
如果合同关系被认定在名义借款人与出借人之间：
- 名义借款人需根据民事判决承担借款合同项下的还本付息责任。
- 实际借款人则根据刑事判决承担退赃退赔责任。
- 两者构成不真正连带责任，不存在比例责任或补充责任的问题。
- 人民法院在执行环节需做好协调工作，避免债权人重复受偿。
实际操作建议
- 审查合同条款：首先，应仔细审查借款合同中的条款，特别是关于借款人身份、代理关系以及违约责任等方面的规定。
- 收集证据：收集并保存所有与借款相关的证据，包括借款合同、转账记录、通信记录等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：鉴于此类案件的复杂性，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作指导。
综上所述，刑事判决贷款由实际用款人还款并不直接影响民事合同的效力或责任承担。在处理此类案件时，我们应依据《民法典》的相关规定，结合具体情况进行细致分析，并咨询专业律师以确保合法权益得到保障。