针对您提出的“竞业限制超过三年怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十四条的相关规定，竞业限制的期限在解除或终止劳动合同后，对于特定人员（如高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员）到与本单位有竞争关系的其他用人单位工作或自己开业从事同类业务的限制，一般不得超过二年。这是法律为了保障劳动者在离职后能够合理地进行职业选择和就业，同时平衡用人单位的商业秘密保护需求而设定的上限。
在特殊情况下，如果用人单位与劳动者双方达成一致意见，并且明确约定，竞业限制期限可以适当延长。但延长期限加上原定期限总计不得超过三年。这是法律对竞业限制期限的最长限制，超出三年的部分将被视为无效，不具有法律约束力。
那么，如果竞业限制协议中约定的期限超过了三年，应该如何处理呢？
协议部分无效：超出三年的部分将被视为无效条款，不具有法律约束力。这意味着，如果劳动者在三年后选择到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，原单位不能依据超出三年的竞业限制条款来追究劳动者的责任。
经济补偿的调整：如果竞业限制协议中包含了经济补偿条款，并且劳动者已经按照协议履行了竞业限制义务，但协议期限超出了三年，那么劳动者有权要求用人单位按照协议约定的经济补偿标准支付至三年期限届满。对于超出三年的部分，由于协议无效，劳动者无权要求用人单位支付经济补偿。
法律途径解决争议：如果双方对竞业限制协议的效力或经济补偿的支付存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径来解决。在解决争议的过程中，应依据相关法律法规和协议约定来判定双方的权利义务。
建议与指导：对于用人单位和劳动者来说，在签订竞业限制协议时，应充分了解法律规定和双方的权利义务，确保协议的合法性和有效性。如果对协议的有效性存在疑问或争议，建议咨询专业律师进行审查和评估，以避免潜在的法律风险和经济纠纷。
综上所述，竞业限制协议中约定的期限如果超过了三年，超出部分将被视为无效。双方应依据相关法律法规和协议约定来处理争议，并确保协议的合法性和有效性。