一个公司的法人是另外一个公司的股东，都来投标了，并不可以直接否决其投标资格，是否否决需根据具体情况和相关法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
法律法规角度
《招标投标法》及相关规定：
- 根据《招标投标法》及其相关规定，投标人之间存在关联关系并不直接构成否决投标的法定理由。关键在于这种关联关系是否导致了不公平竞争或影响了投标的公正性。
- 如果两个投标人之间存在直接的利益冲突，例如一个投标人的决策可能直接影响另一个投标人的利益，且这种冲突无法通过合理方式消除，那么招标人可能会考虑否决其中一方或双方的投标。
关联关系披露：
- 投标人在投标文件中应如实披露与其他投标人之间的关联关系。如果未披露或披露不实，招标人可能会根据相关规定否决其投标。
- 披露关联关系后，招标人应评估这种关系是否对投标公正性产生影响，并据此作出决定。
实际操作角度
招标文件规定：
- 招标文件通常会明确规定否决投标的情形，包括但不限于投标人之间存在直接利益冲突、串通投标等。如果两个投标人之间的关联关系符合招标文件规定的否决情形，那么招标人可以否决其投标。
- 如果招标文件未明确规定此类情形，招标人应谨慎处理，避免随意否决投标引发争议。
公平竞争原则：
- 招标过程应遵循公平竞争原则，确保所有投标人在同等条件下竞争。如果两个投标人之间的关联关系未对投标公正性产生实质性影响，且双方均符合招标文件要求，那么招标人无权直接否决其投标。
- 招标人可以通过加强监管、要求投标人提供更多证明材料等方式，确保投标过程的公正性。
建议与后果
建议：
- 对于存在关联关系的投标人，招标人应要求其在投标文件中详细披露关联关系，并评估这种关系对投标公正性的影响。
- 招标人可以在招标文件中明确规定否决投标的情形，包括关联关系导致的利益冲突等，以便在评标过程中有明确的依据。
法律后果：
- 如果招标人随意否决符合要求的投标，可能会面临法律纠纷和赔偿责任。投标人可以依据相关法律规定，要求招标人承担因否决投标而造成的损失。
- 因此，招标人在处理此类问题时，应确保决策过程合法合规，避免引发不必要的法律风险。
总结来说，一个公司的法人是另外一个公司的股东，都来投标了，并不可以直接否决其投标资格。是否否决需根据具体情况、相关法律法规以及招标文件的规定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。