个体工商户被员工告到劳动局的后果主要取决于调查结果，如果确实存在违法行为，将面临行政惩罚及声誉、商业上的负面影响。

一. 后果的严重性取决于调查结果

• 如果个体工商户被员工告到劳动局，首先，劳动行政机关会展开细致的调查核实工作，以查明实际状况。
• 如果调查结果证实个体工商户存在违反劳动法律法规的行为，如未能按时全额支付雇员工资、未按规定为其缴纳社会保险或违约解除劳动合同等，那么个体工商户将面临一系列不利后果。

二. 可能的行政惩罚

1. 支付补偿款：个体工商户须承担支付雇员工资补偿款、弥补欠薪或补足社保基金等义务。
2. 罚款等制裁：如果个体工商户拒不纠正违法行为，劳动行政机关将依法对其处以罚款等严厉制裁措施。

三. 声誉及商业运营的影响

• 除了直接的行政惩罚外，个体工商户的违法行为还有可能给其声誉以及商业运营带来负面影响。例如，员工或客户可能因得知其违法行为而选择离职或不再与其合作。

四. 无违法行为的情况

• 如果经过调查核实，确认个体工商户并无任何违法行为，那么通常情况下不会产生任何不利后果。

我建议：个体工商户在面对员工的投诉时，应积极配合劳动行政机关的调查工作，同时做好充分的准备，提供相关证据资料，以确保自身的合法权益得到有效保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。