结论：运输死鸡死鸭被罚款3000多万元是否合理，需结合具体违法情节、法律适用及行政处罚的“过罚相当”原则综合判断，不能一概而论。 以下是具体分析：

1. 法律对运输死禽的处罚依据

根据《中华人民共和国动物防疫法》第九十八条，运输依法应当检疫而未经检疫的动物、动物产品，或未按规定处理病死动物、病害动物产品的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处同类检疫合格动物、动物产品货值金额一倍以下罚款；情节严重的，处货值金额一倍以上五倍以下罚款。
若运输的死鸡死鸭属于“病死动物”，且未按规定进行无害化处理（如深埋、焚烧等），则可能触发上述处罚条款。罚款金额的计算基数是“货值金额”（即死禽的市场价值），若货值金额较高（如数百万），按五倍罚款则可能达到3000万元以上。

2. 罚款3000多万元是否合理的关键因素

需重点审查以下三点：

• 货值金额是否准确：行政机关需提供证据证明死鸡死鸭的货值金额（如市场价格、数量等）。若货值金额被高估，罚款可能不合理。
  
• 违法情节是否严重：根据《动物防疫法》，若存在“多次违法”“造成疫情扩散”“拒不改正”等情节，可认定为“情节严重”，从而适用更高倍数的罚款。
  
• 是否符合“过罚相当”原则：根据《行政处罚法》第五条，行政处罚应与违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相当。若罚款金额明显超出合理范围（如货值金额仅数百万，但罚款3000万），可能违反该原则。

3. 可能的争议点

• 货值金额认定：若行政机关无法提供死禽数量、价格的准确证据，罚款可能因“证据不足”被撤销或变更。
  
• 法律适用错误：若运输的死鸡死鸭不属于“病死动物”（如因正常死亡），则可能不适用《动物防疫法》，而应适用其他法规（如《食品安全法》），处罚标准可能不同。
  
• 程序违法：若行政机关未履行告知、听证等程序，罚款决定可能因程序违法被撤销。

4. 建议

若您或相关方被处以3000多万元罚款，可采取以下措施：

• 申请行政复议：向作出处罚的上级机关提出复议，要求重新审查货值金额、违法情节及法律适用。
  
• 提起行政诉讼：若复议结果不满意，可向法院起诉，要求撤销或变更处罚决定。
  
• 收集证据：证明死禽的来源、死亡原因、货值金额等，以支持复议或诉讼主张。

如有具体案件细节（如处罚决定书内容、死禽数量等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析合理性。