关于您提出的“同村宅基地转让只有双方协议是否有效”的问题，这需要从多个方面来综合考量。
首先，我们要明确的是，宅基地房屋转让协议的有效性并非仅由双方协议决定，而是取决于多个关键因素。在一般情况下，如果农村村民之间（即同一集体经济组织成员内部）转让宅基地上的房屋，且转让行为符合宅基地的使用性质和管理规定，那么这样的协议是有效的。这是因为宅基地作为农村集体组织成员用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，具有一定的社会保障性质，在本集体组织成员内部转让是合理的。
然而，如果宅基地房屋被转让给本集体组织以外的人，那么该协议通常会被视为无效。这是因为宅基地不能单独转让，且宅基地使用权主体应是本集体经济组织成员。将宅基地房屋转让给非本集体经济组织成员，违反了相关法律规定，可能导致协议无法得到法律的支持和保护。
此外，即使是在同村内进行宅基地转让，也需要满足一定的条件：
转让主体需符合规定：转让人必须是本集体经济组织成员，且拥有两处以上的农村住房；受让人应当符合宅基地申请条件，即无宅基地或住房困难。
转让行为需经本集体经济组织同意：转让宅基地应经本集体经济组织成员大会或成员代表大会讨论通过，以确保集体利益不受损害。
转让后不得再申请宅基地：宅基地转让后，受让人取得宅基地的使用权，转让人则不得再申请新的宅基地。
最后，不同地区可能存在具体的政策差异和法律规定。有些地方对宅基地转让可能有更为严格的限制或审批程序。因此，在进行宅基地转让时，双方应充分了解当地的相关法规和政策，办理合法的手续，以避免产生法律纠纷。
综上所述，同村宅基地转让并非只有双方协议就有效，而是需要满足多个条件并遵守相关法律法规。希望这些信息能对您有所帮助。