执法卷宗不予公开时，行政机关确实需要说明涉及国家秘密等不予公开的理由。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据与要求

根据《中华人民共和国政府信息公开条例》的相关规定，行政机关在公开政府信息时，应当遵循公正、公平、便民的原则。对于不予公开的政府信息，行政机关需要明确说明不予公开的理由。特别是当政府信息涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私等敏感内容时，行政机关更应当谨慎处理，并依法提供不予公开的具体依据。

具体法律依据：

• 《中华人民共和国政府信息公开条例》第十四条：依法确定为国家秘密的政府信息，法律、行政法规禁止公开的政府信息，以及公开后可能危及国家安全、公共安全、经济安全、社会稳定的政府信息，不予公开。同时，该条例也要求行政机关在不予公开时，应当说明理由。
• 《中华人民共和国政府信息公开条例》第十六条：行政机关的内部事务信息，包括人事管理、后勤管理、内部工作流程等方面的信息，可以不予公开。但同样，如果行政机关决定不予公开，也应当说明理由。不过，这一条款主要针对的是内部事务信息，而执法卷宗通常不属于此类。
• 《中华人民共和国政府信息公开条例》第十七条：行政机关在履行行政管理职能过程中形成的讨论记录、过程稿、磋商信函、请示报告等过程性信息以及行政执法案卷信息，可以不予公开。但法律、法规、规章规定上述信息应当公开的，从其规定。对于可以不予公开的行政执法案卷信息，如果行政机关决定不予公开，同样需要说明理由。

二、不予公开的理由说明

当行政机关决定不予公开执法卷宗时，需要说明的理由通常包括但不限于以下几种情况：

1. 涉及国家秘密：如果执法卷宗中包含涉及国家安全、国家利益等敏感信息，行政机关可以依法不予公开，并说明该信息属于国家秘密。
2. 涉及商业秘密或个人隐私：如果执法卷宗中包含企业的商业秘密或个人的隐私信息，行政机关在公开前需要征得相关权利人的同意。如果无法征得同意，行政机关可以依法不予公开，并说明理由。
3. 公开后可能危及社会稳定或公共安全：如果执法卷宗的公开可能引发社会不稳定因素或危及公共安全，行政机关也可以依法不予公开，并说明相关情况。

三、法律后果与责任

如果行政机关在不予公开执法卷宗时未说明理由，或者说明的理由不充分、不合法，可能会面临以下法律后果：

1. 行政复议或行政诉讼：相关当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求行政机关公开相关信息或撤销不予公开的决定。
2. 行政责任：如果行政机关的不予公开行为被认定为违法，相关责任人员可能会面临行政处分或其他行政责任。

四、建议与措施

为了避免不必要的法律纠纷和行政责任，行政机关在决定不予公开执法卷宗时，应当采取以下措施：

1. 依法审查：对执法卷宗进行依法审查，确定是否属于不予公开的范围。
2. 充分说明理由：如果决定不予公开，应当充分说明理由，并提供相关法律依据。
3. 建立内部审查机制：建立内部审查机制，确保不予公开的决定合法、合规。
4. 加强培训与教育：加强对行政机关工作人员的培训与教育，提高其对政府信息公开条例的理解和执行能力。

总结：执法卷宗不予公开时，行政机关需要说明涉及国家秘密等不予公开的理由。这是依法行政的要求，也是保障公民知情权、参与权和监督权的重要体现。如果您在政府信息公开方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。