执法卷宗在涉及商业秘密或国家秘密的情况下不予公开时，确实需要说明理由。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据与要求

根据《中华人民共和国政府信息公开条例》的相关规定，对于依法确定为国家秘密的政府信息，以及涉及商业秘密、个人隐私等公开会对第三方合法权益造成损害的政府信息，行政机关在不予公开时，应当遵循一定的程序和要求。虽然条例并未直接规定必须“明确说明”不予公开的具体理由是涉及商业秘密或国家秘密，但从法律精神和行政程序正当性的角度出发，行政机关在作出不予公开的决定时，应当向申请人说明不予公开的理由，这包括但不限于指出信息涉及国家秘密或商业秘密。这样的做法有助于保障申请人的知情权，同时也有助于监督行政机关依法行使职权。

二、实际操作与建议

1. 说明理由的必要性：

   • 在实际操作中，行政机关在拒绝公开执法卷宗时，如果理由是涉及商业秘密或国家秘密，应当向申请人明确说明这一点。这不仅可以增强行政决定的透明度和公信力，还可以避免不必要的行政争议和诉讼。

2. 如何说明理由：

   • 行政机关可以在不予公开的决定书中，明确指出该信息涉及国家秘密或商业秘密，并简要说明其性质和影响。例如，可以说明该信息一旦公开可能会损害国家安全、公共利益或商业主体的合法权益等。

3. 申请人的权利：

   • 如果申请人对行政机关不予公开的决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，行政机关需要提供充分的证据来证明其不予公开的决定是合法和合理的，包括证明该信息确实涉及国家秘密或商业秘密。

三、特殊情况下的处理

• 第三方同意公开：如果涉及商业秘密的信息，第三方同意公开，或者行政机关认为不公开会对公共利益造成重大影响的，那么行政机关可以予以公开。在这种情况下，行政机关也需要向申请人说明公开的理由和依据。

• 法律、法规、规章的特别规定：如果法律、法规、规章对执法卷宗的公开有特别规定，行政机关应当遵循这些规定。例如，某些特定类型的执法卷宗可能根据法律规定必须公开或不得公开。

总结与建议：

执法卷宗在涉及商业秘密或国家秘密的情况下不予公开时，行政机关应当向申请人说明不予公开的理由。这不仅是法律精神和行政程序正当性的要求，也是保障申请人知情权和监督行政机关依法行使职权的重要措施。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。