针对您提出的“两个鉴定机构做的鉴定结果不一样，当事人怎么起诉”的问题，这确实是一个涉及法律程序和证据规则的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解鉴定结果差异的原因
首先，当事人需要理解两个鉴定机构结果不一样可能的原因。这可能是由于鉴定方法、技术标准、鉴定人员专业水平或经验等方面的差异导致的。在起诉前，了解这些差异有助于您更准确地定位问题所在。
二、评估起诉的必要性
在决定起诉之前，您需要评估起诉的必要性。如果两个鉴定机构的差异对您的权益产生了实质性影响，比如影响了案件的判决结果或您的经济利益，那么起诉可能是必要的。反之，如果差异不大或对您的权益影响较小，您可以考虑通过其他方式解决，如协商、调解等。
三、准备起诉材料
如果您决定起诉，需要准备以下材料：
- 起诉状：明确您的诉讼请求、事实和理由，以及您认为鉴定机构存在问题的具体方面。
- 证据材料：
- 两个鉴定机构的鉴定报告原件或复印件。
- 与鉴定相关的其他证据，如沟通记录、付款凭证等。
- 如果可能，提供专家意见或第三方机构的重新鉴定报告，以支持您的观点。
四、确定起诉对象和管辖法院
- 起诉对象：根据鉴定机构的性质，您可能需要起诉鉴定机构本身或其上级主管部门。如果鉴定机构是独立的法人实体，您可以直接起诉该机构。如果鉴定机构是某个部门的下属单位，您可能需要考虑起诉该部门或同时起诉机构和部门。
- 管辖法院：通常，您需要向鉴定机构所在地的基层人民法院提起诉讼。如果涉及重大利益或复杂情况，您也可以考虑向中级人民法院提起诉讼。
五、遵循法律程序
在起诉过程中，您需要遵循以下法律程序：
- 提交起诉状和证据材料：向法院提交起诉状和所有相关证据材料。
- 参加庭审：按照法院的通知参加庭审，陈述您的诉讼请求和事实理由，并回答法官和对方当事人的提问。
- 等待判决：法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决。如果判决对您不利，您可以考虑上诉。
六、考虑其他解决方式
在起诉之前或过程中，您也可以考虑其他解决方式，如：
- 协商：与鉴定机构进行协商，寻求达成和解或妥协。
- 调解：通过第三方调解机构进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。
- 重新鉴定：如果可能，您可以委托其他有资质的第三方机构进行重新鉴定，以获取更准确的鉴定结果。
七、法律依据
在起诉过程中，您可以依据以下法律规定来支持您的诉讼请求：
- 《中华人民共和国民事诉讼法》：规定了起诉的条件、程序和证据规则等。
- 《司法鉴定管理条例》：对司法鉴定机构的设立、运行、管理及鉴定人资格、职责等做出明确规定。如果鉴定机构违反这些规定，您可以据此要求其承担法律责任。
- 《司法鉴定程序通则》：规范了鉴定程序，如果鉴定机构未遵循这些程序导致鉴定结果不可靠，您也可以据此提出异议。
综上所述，当两个鉴定机构做的鉴定结果不一样时，当事人可以通过起诉来维护自己的权益。但在起诉前，请务必评估起诉的必要性、准备充分的起诉材料、确定正确的起诉对象和管辖法院，并遵循法律程序。同时，也可以考虑其他解决方式以达成更满意的解决方案。