当政府拆迁协议经法院审判无效并解除后，赔偿问题应当遵循相关法律法规进行，以确保被拆迁人的合法权益得到妥善保护。以下是对此问题的详细解答：

一、赔偿依据

首先，赔偿应依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规进行。这些法规明确了拆迁补偿的基本原则和标准，为赔偿提供了法律依据。

二、赔偿原则

1. 恢复原状、填补损失：赔偿应旨在使被拆迁人的财产状况尽可能恢复到协议签订之前的状态，补偿因协议无效所遭受的全部损失。
2. 公平合理：赔偿应公平合理，确保被拆迁人不会因协议无效而遭受不公平的损失。

三、赔偿主体与责任划分

1. 拆迁方过错：若因拆迁方的过错（如未取得合法拆迁许可、违反拆迁程序等）导致协议无效，拆迁方应承担主要或全部赔偿责任。
2. 双方过错：若双方都有过错，则根据各自过错的程度分担相应的责任。例如，如果被拆迁人在签订协议时也存在疏忽或错误，那么其也应承担一定的责任。

四、赔偿范围

赔偿范围通常包括直接财产损失和间接损失：

1. 直接财产损失：

   • 已支付款项及利息：拆迁方应返还被拆迁人已支付的款项，并支付自支付之日起至返还之日止的利息。
   • 房屋装修残值：根据装修的实际情况和使用年限，通过评估确定装修残值，并由拆迁方赔偿。
   • 搬迁费用：包括搬家费、运输费等因相信协议有效而产生的搬迁费用。

2. 间接损失：

   • 停产停业损失：针对经营性用房，根据房屋被征收前的效益和停产停业期限，合理计算并赔偿停产停业损失。
   • 临时安置费用：因协议无效导致的额外临时安置住房租金等费用。

五、赔偿方式

赔偿方式通常包括货币赔偿和产权调换：

1. 货币赔偿：拆迁方按照确定的赔偿金额向被拆迁人支付货币。
2. 产权调换：在合适情况下，拆迁方可提供与被拆迁房屋价值相当的房屋进行产权调换，并结算差价。

六、赔偿流程

1. 协商：被拆迁人与拆迁方首先就赔偿事宜进行协商，明确赔偿范围、金额、方式等内容，并尝试签订赔偿协议。
2. 行政裁决或诉讼：若协商不成，被拆迁人可向有关行政机关申请行政裁决，或直接向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，被拆迁人需提供充分证据证明自己的损失，以支持其赔偿请求。

七、特殊情况处理

• 部分无效协议：若协议部分无效，不影响其他部分效力，则按有效部分履行；无效部分按法律规定处理，确保被拆迁人权益不受损。

综上所述，当政府拆迁协议经法院审判无效并解除后，赔偿问题应严格遵循相关法律法规进行。赔偿应遵循恢复原状、填补损失的原则，涵盖直接和间接损失，并通过合理的赔偿方式使被拆迁人在拆迁补偿协议无效的情况下能获得应有的补偿和保障。