甲方在三方协议生效后，是否还有权要求乙方赔偿损失，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容对赔偿责任的约定
若协议中有明确约定：
- 如果三方协议中明确规定了乙方在特定情况下需承担赔偿责任，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么一旦协议生效，且乙方出现了协议中约定的违约或侵权行为，甲方就有权依据协议要求乙方赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。若一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
若协议中无明确约定：
- 如果三方协议中没有对乙方的赔偿责任作出明确约定，那么甲方要求乙方赔偿损失的权利将受到限制。此时，甲方需要依据其他法律规定或事实依据来主张权利。
二、法律规定对赔偿责任的适用
法定赔偿责任：
- 即使协议中没有明确约定，如果乙方的行为违反了法律、行政法规的强制性规定，或者构成了侵权行为，甲方仍然有权依据相关法律规定要求乙方承担赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
举证责任：
- 在没有协议约定的情况下，甲方需要承担举证责任，证明乙方的行为构成了违约或侵权，并且该行为与甲方所遭受的损失之间存在因果关系。
三、实际操作中的建议
审查协议条款：
- 甲方应首先仔细审查三方协议的条款，特别是关于赔偿责任的部分，以确定自己是否享有要求乙方赔偿损失的权利。
收集证据：
- 如果甲方认为乙方应承担赔偿责任，无论协议中是否有明确约定，都应积极收集相关证据，以支持自己的主张。
协商与诉讼：
- 在证据充分的情况下，甲方可以尝试与乙方进行协商，寻求和解。如果协商无果，甲方可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
总结与建议：甲方在三方协议生效后是否有权要求乙方赔偿损失，取决于协议中的约定以及相关法律的规定。如果协议中有明确约定且符合法律规定，甲方有权要求赔偿；如果协议中无明确约定但乙方行为构成违约或侵权，甲方也有权依据法律规定要求赔偿。在实际操作中，甲方应仔细审查协议条款、收集证据，并根据情况选择合适的解决方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。