员工自主申请职业病鉴定未被认定时，鉴定费一般由员工自己承担，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：员工自行承担
在大多数情况下，如果员工自主申请职业病鉴定但未被认定，那么在申请鉴定过程中所产生的合理费用，通常由员工自己承担。这是因为员工是主动发起鉴定的一方，旨在确认自己是否患有职业病。根据“谁主张、谁举证”以及费用承担的一般原则，员工应当自行承担这部分费用。
二、例外情况：用人单位承担
然而，也存在一些例外情况，即如果因用人单位提供的材料不真实等原因导致鉴定未通过，经行政部门调查核实后，相关的费用应由用人单位来承担。这体现了法律对用人单位在职业病鉴定过程中应尽责任的强调。用人单位有义务提供真实、准确的材料，以保障鉴定的公正性和准确性。如果用人单位未能履行这一义务，导致鉴定结果不准确或鉴定未通过，那么用人单位应当承担相应的费用。
三、具体建议与注意事项
提交真实完整材料：在职业病鉴定过程中，员工必须严格按照规定提交真实、完整的材料。这不仅是员工自身权益的保障，也是确保鉴定工作顺利进行的基础。如果员工提交的材料不真实或不完整，可能会导致鉴定结果的不准确，进而影响自身的权益。
及时申请再次鉴定：如果员工对鉴定结果存有异议，应当在规定的时间内及时申请再次鉴定等后续程序。这样可以通过合法的途径来维护自己的合法权益，避免因一时的疏忽而导致权益受损。
协商与法律途径：如果双方对鉴定费用的承担有争议，首先可以尝试协商解决。双方心平气和地沟通，根据实际情况商讨费用承担方式。若协商不成，就可以通过劳动争议仲裁等法律途径解决。仲裁机构或法院会依据具体事实和证据，来判定鉴定费用的承担方。
举例说明：假设某员工在工厂工作多年，近期感觉身体不适，怀疑自己患上了职业病。于是，该员工自主申请了职业病鉴定，并支付了鉴定费用。然而，鉴定结果并未认定其患有职业病。在这种情况下，如果工厂没有提供不真实的材料导致鉴定未通过，那么该员工通常需要自行承担鉴定费用。但如果工厂提供了不真实的材料，且经行政部门调查核实后确认了这一点，那么相关的鉴定费用就应由工厂来承担。
综上所述，员工自主申请职业病鉴定未被认定时，鉴定费的承担方需根据具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。