核心结论：针对您描述的“包代发农民工工资时多发了，但工人已离开”的情况，需分情况处理，若能联系上工人，应协商退还多余款项；若无法联系或工人拒绝退还，可通过法律途径追回。以下是具体分析：

1. 若能联系上工人，优先协商解决

• 法律依据：根据《民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。您多发的工资属于“不当得利”，工人有义务退还。
• 操作建议：
  • 保留转账记录、工资表、考勤记录等证据，证明多发金额及工人应得工资。
  • 通过电话、短信或书面方式与工人沟通，明确要求退还多余款项，并留存沟通记录。
  • 若工人同意退还，可约定退款方式（如银行转账）并保留凭证。

2. 若无法联系工人或工人拒绝退还，可依法追回

• 法律途径：
  • 起诉：向法院提起民事诉讼，要求工人返还不当得利。需准备证据材料（如转账记录、工资表、沟通记录等），并提交起诉状。
  • 申请支付令：若证据充分且金额明确，可向法院申请支付令，要求工人限期返还。
• 注意事项：
  • 诉讼时效为3年，自您知道或应当知道权利受损之日起计算。
  • 若工人下落不明，需公告送达法律文书，可能延长诉讼周期。

3. 预防措施：避免类似情况再次发生

• 完善工资发放流程：
  • 制定书面工资发放制度，明确发放标准、审核流程及责任人。
  • 发放前由工人签字确认应发工资及实发金额，避免口头约定。
• 留存证据：
  • 保存工资表、考勤记录、转账凭证等原始材料，以备查证。
  • 对关键环节（如工人确认）进行录音或录像。

总结：多发工资后，应优先通过协商解决；若协商无果，可依法追回。同时，建议完善工资发放流程，降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。