宅基地赠与协议是否会留档案，取决于协议是否经过法定程序进行登记或备案。以下从不同角度进行详细分析：

1. 若宅基地赠与协议经过登记或备案

• 登记或备案的意义：宅基地作为农村集体土地的一种，其使用权流转（包括赠与）通常需要遵循一定的法定程序。如果赠与协议在相关部门（如乡镇国土所、县级不动产登记中心等）进行了登记或备案，那么这份协议就会作为正式的法律文件被留存，形成档案。
• 档案的作用：留存的档案可以作为赠与行为合法有效的证明，有助于保护赠与人和受赠人的合法权益。在后续可能出现的纠纷中，这份档案可以作为重要的证据材料。

2. 若宅基地赠与协议未经过登记或备案

• 未登记或备案的后果：如果赠与协议只是双方私下签订，没有经过任何法定程序的登记或备案，那么这份协议可能不会被正式留存为档案。这种情况下，协议的法律效力可能会受到质疑，特别是在涉及第三方权益或发生纠纷时。
• 风险提示：未登记或备案的赠与协议可能存在较大的法律风险。例如，如果赠与人反悔或受赠人无法证明赠与行为的存在，可能会导致赠与无效或无法执行。

3. 实际操作建议

• 遵循法定程序：为了确保宅基地赠与协议的法律效力，建议双方按照法定程序进行登记或备案。这不仅可以保护双方的合法权益，还可以避免后续可能出现的纠纷。
• 咨询专业人士：在进行宅基地赠与前，最好咨询当地的国土部门、不动产登记中心或专业律师，了解具体的登记或备案流程以及所需材料。
• 保留证据：即使赠与协议已经登记或备案，双方也应妥善保管相关证据材料，如协议原件、登记或备案证明等。

总结来看，宅基地赠与协议是否会留档案，关键在于协议是否经过了法定程序的登记或备案。为了确保赠与行为的合法性和有效性，建议双方遵循法定程序进行操作，并咨询专业人士的意见。如果有任何关于宅基地赠与或其他婚姻家庭、合同纠纷、房产纠纷方面的法律问题，可以直接向我咨询。