在诉讼过程中，如果被告进行了还款，处理方式会根据判决书是否生效而有所不同。以下是对这一问题的详细解答：
一、判决书生效前被告还款
原告申请撤诉：
- 若在判决书生效前，被告已经完成了还款，原告有权向法院提出撤回起诉的申请。
- 法院会对撤诉申请进行审查，如果申请合法合规，法院会裁定准许撤诉，此时案件将得以终结。
庭审中被告还款：
- 如果在庭审过程中被告还款，原告可以选择变更诉讼请求，将原本要求被告还款的请求变更为确认债务已清偿。
- 这样，法院会在判决中确认债务已经清偿的事实，案件也会相应终结。
判决未生效被告还款：
- 如果在判决未生效时被告还款，原告应及时向法院说明情况。
- 法院会根据具体情况决定是否在判决文书中说明还款事实，或者采取其他适当措施。
二、判决书生效后被告还款
原告申请执行终结：
- 若在判决书生效后，被告才进行还款，原告应及时向法院出具收到还款的证明材料。
- 同时，原告需要申请对判决书进行执行终结。法院在收到申请后，会核实还款情况。
法院作出执行终结裁定：
- 法院在确认还款无误后，会作出执行终结的裁定，此时案件将正式完结。
三、注意事项
及时与法院沟通：
- 无论在诉讼的哪个阶段被告还款，原告都应及时与法院取得联系，并按照法定程序办理相关手续。
- 这有助于确保诉讼程序的合法终结，避免出现程序漏洞或纠纷。
保存与处理证据：
- 被告还款后，相关的证据（如还款凭证、收据等）应妥善保存。
- 这些证据在后续可能出现的纠纷中可能起到关键作用。
诉讼费用分担：
- 关于诉讼费用的分担，通常败诉方会承担诉讼费用。但如果案件以撤诉或调解方式结案，诉讼费用的分担可能会根据具体情况由双方协商确定。
签订书面协议：
- 在判决生效后被告还款的情况下，双方最好签订书面协议以确认还款事实和诉讼程序的终结。
- 这有助于防止后续可能出现的纠纷。
综上所述，不同案件中被告还款的处理方式会根据判决书是否生效而有所不同。原告应及时与法院沟通并按照法定程序办理相关手续以确保诉讼程序的合法终结。同时，双方应保持良好的沟通并妥善保存相关证据以避免后续纠纷。