合同中发包人逾期支付进度款时，违约金的计算方式可以写无违约金，这样的约定是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性角度
根据合同自由原则，当事人有权自主约定合同条款，这包括是否约定违约金以及违约金的具体数额或计算方式。只要合同是双方真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人合法权益，那么关于无违约金的约定就是有效的。因此，在合同中明确发包人逾期支付进度款无违约金，是双方协商一致的结果，具有法律效力。
实际影响角度
无违约金约定的后果：
- 若合同中未约定违约金，当发包人逾期支付进度款时，承包人无法直接依据合同条款要求发包人支付违约金。
- 但这并不意味着承包人无法获得任何补偿。根据法律规定，若一方违约给对方造成损失，受损方仍可依据法律规定要求违约方承担损害赔偿责任，以弥补自身损失。
损害赔偿的确定：
- 损害赔偿的范围通常包括实际损失和预期利益损失。实际损失是指因违约行为导致的直接经济损失，如资金占用费、利息损失等。
- 预期利益损失则是指因违约行为导致的合同履行后可获得的利益损失，如利润损失等。在确定损害赔偿数额时，法院会综合考虑多种因素，如违约行为的性质、程度、持续时间以及受损方的实际损失情况等。
建议与注意事项
明确约定：
- 尽管合同中可以约定无违约金，但为了避免潜在纠纷，双方可以在合同中明确约定逾期支付进度款的后果，如支付利息、承担其他违约责任等。
- 这样可以在发生纠纷时，为双方提供明确的解决依据。
保留证据：
- 在合同履行过程中，承包人应妥善保留与发包人沟通、催款的证据，如邮件、短信、录音等。
- 这些证据在发生纠纷时，可以作为证明发包人逾期支付进度款以及承包人因此遭受损失的重要依据。
及时维权：
- 若发包人逾期支付进度款且未承担相应责任，承包人应及时采取法律措施维护自身权益。
- 这包括向发包人发出催款通知、协商解决纠纷、提起诉讼或申请仲裁等。
举例说明：假设某建设工程合同中约定，发包人应按月支付进度款，但未约定逾期支付的违约金。后因发包人资金问题，连续三个月未支付进度款。此时，承包人虽无法直接要求发包人支付违约金，但可以依据法律规定和合同约定，要求发包人支付逾期期间的利息损失，并承担因逾期支付导致的其他实际损失。若双方无法协商解决，承包人可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求发包人承担相应的损害赔偿责任。
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