合同上写着双方协商付款，这一条款本身是合法的。以下从不同角度对此进行详细分析：
合法性依据
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括付款方式、付款时间等。因此，双方协商付款作为合同条款的一部分，只要不违反上述原则，就是合法的。
协商付款的灵活性：
- 协商付款体现了合同双方的自主性和灵活性。在实际商业活动中，由于各种因素（如资金流、项目进度等）的影响，双方可能需要根据实际情况调整付款方式和时间。通过协商付款条款，双方可以在合同中预留调整的空间，以适应可能的变化。
注意事项
明确协商机制和违约责任：
- 虽然协商付款条款本身合法，但为了避免未来可能出现的纠纷，双方应在合同中明确协商的具体机制（如协商的程序、时间限制等）以及协商不成时的解决方案。同时，还应明确违约责任，即如果一方未按照协商结果履行付款义务，应承担何种法律责任。
避免模糊表述：
- 合同中的条款应尽可能明确、具体，避免使用模糊或歧义的表述。例如，如果协商付款条款表述为“双方协商确定付款时间和方式”，但未明确协商的具体程序和期限，那么在未来协商过程中可能出现争议。因此，建议双方在拟定合同时，对协商付款条款进行细化，以确保其可操作性和明确性。
符合行业惯例和交易习惯：
- 在拟定协商付款条款时，双方还应考虑行业惯例和交易习惯。如果协商付款的方式或时间与行业惯例或交易习惯严重不符，可能会引发不必要的纠纷或影响合同的履行。
可能的法律后果
- 如果协商付款条款合法且明确，双方按照协商结果履行付款义务，则不会产生法律后果。
- 如果协商付款条款存在模糊或歧义，或者一方未按照协商结果履行付款义务，则可能引发合同纠纷。此时，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。如果纠纷无法通过协商或调解解决，且合同中约定了仲裁条款，则双方应按照仲裁条款的规定进行仲裁；如果合同中未约定仲裁条款，则双方可以向人民法院提起诉讼。