公司擅自将基本工资按照比例发放，通常是不合法的，但特定环境下，经过合法程序后按比例支付薪资，则可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、非法情况
未经协商擅自决定：
- 如果公司未经与员工协商，擅自决定按比例发放基本工资，这违背了劳动合同的约定，同时也违反了相关法律法规中有关工资支付的规定。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，公司擅自决定按比例发放工资，有可能被视为违法行为。
未保证最低工资标准：
- 即使公司因经营困难等原因需要调整工资支付方式，也必须保证员工的最低工资标准。如果按比例发放工资后，员工的实际收入低于当地最低工资标准，那么这种做法就是非法的。
二、合法情况
经过协商并遵循程序：
- 当企业受经营困难等不可抗因素影响时，经过与雇员协商后按比例支付薪资，并且遵循了相应的程序（如向劳动行政部门报备并获得批准），那么此举通常并不违法。这种情况下，公司需要与员工进行充分的沟通，解释原因，并达成一致意见。
符合法律法规的特别规定：
- 在某些特殊情况下，法律法规可能允许公司按比例支付工资。例如，在疫情期间，为了应对经营困难，政府可能出台相关政策允许企业按比例支付工资。但这种情况下，公司也必须严格遵守相关政策规定，确保员工的合法权益不受损害。
三、法律建议
与公司协商：
- 如果您发现公司擅自按比例发放工资，首先可以尝试与公司进行协商，了解原因并寻求解决方案。如果公司能够给出合理的解释并承诺尽快恢复正常工资支付，那么您可以考虑给予一定的理解和支持。
向劳动行政部门投诉：
- 如果公司拒绝协商或无法给出合理的解释，您可以向当地的劳动行政部门投诉。劳动行政部门将会对公司的行为进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。
寻求法律援助：
- 如果您认为自己的合法权益受到了侵害，还可以寻求法律援助。您可以咨询专业的劳动纠纷律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律帮助来维护自己的合法权益。
总结来看，公司擅自将基本工资按照比例发放是否合法，取决于具体情况和程序。如果您对此有疑问或发现自己的权益受到了侵害，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。