针对您提出的“工程拖欠三年农民工工资怎么办”的问题，以下是我从多个角度给出的详细解答：

一、明确维权途径

1. 收集证据

   • 首要任务是收集能证明您与用人单位存在劳动关系及工资拖欠事实的材料。这些材料包括但不限于劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、聊天记录、录音等。证据是维权的基础，务必确保其真实性和完整性。

2. 与用人单位协商

   • 在收集好证据后，您可以尝试与用人单位进行协商，明确要求其支付拖欠的工资。协商过程中，注意保留好相关的聊天记录或录音，以备后续维权之需。

3. 向劳动监察部门投诉

   • 若协商无果，您可以向工程所在地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位进行检查，并责令其支付拖欠的工资。投诉时，请携带好您收集的证据材料。

4. 申请劳动仲裁

   • 若投诉后问题仍未得到解决，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁过程中，您需要提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会将依法审理并作出裁决。

5. 向法院提起诉讼

   • 若对仲裁结果不服，您可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。通过法院判决要求用人单位支付拖欠的工资。若用人单位仍不履行判决，您可以申请强制执行。

二、考虑特殊情况

1. 工程转包导致拖欠

   • 若存在建筑工程层层转包导致工资拖欠的情况，根据相关法律规定，您可以要求施工总承包单位先行清偿。这是法律赋予您的一种特殊保护。

2. 诉讼时效问题

   • 需要注意的是，一般诉讼时效为三年。但若您在期间有向用人单位主张权利等情形，诉讼时效会中断并重新计算。因此，在维权过程中，务必注意保留好相关证据，以证明您未放弃权利。

三、寻求额外援助

1. 法律援助

   • 若您经济困难且无委托代理人的情况下，可以向法律援助机构申请法律援助。法律援助机构将为您提供免费的法律服务，帮助您维护自身权益。

2. 工会组织

   • 您还可以向当地工会组织反映问题。工会组织将为您提供法律支持和沟通协调，协助您解决工资拖欠问题。

四、法律后果提示

• 若用人单位恶意拖欠工资，情节严重的，可能会触犯拒不支付劳动报酬罪。根据《刑法》规定，以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，构成拒不支付劳动报酬罪。这将面临刑事处罚的风险。

五、建议与总结

• 在整个维权过程中，请务必保持冷静和理性，遵循法律程序。不要采取过激行为或非法手段来维护自己的权益，以免给自己带来不必要的麻烦。
• 同时，积极寻求政府、社会和法律机构的帮助和支持。这些机构将为您提供专业的法律服务和支持，确保您的合法权益得到有效维护。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。