主体变更后，分公司与总公司及甲方可以签订三方协议，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律层面的可行性
分公司法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽不具备独立法人资格，但依法设立并领取营业执照后，具有诉讼主体资格，并能以自己的名义从事民事活动。因此，在法律上，分公司有权参与签订三方协议。
三方协议的法律性质：
- 三方协议是涉及三方主体权利义务的合同，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且各方意思表示真实，即具有法律效力。因此，在主体变更后，只要分公司、总公司及甲方均同意并签署，三方协议即可成立。
二、实际操作中的注意事项
主体变更的合法性：
- 在签订三方协议前，需确保主体变更（如分公司设立、总公司股权变更等）已依法完成相关手续，如工商登记、税务登记等。否则，可能因主体不适格而导致协议无效。
协议内容的明确性：
- 三方协议应明确各方的权利义务，包括但不限于合同标的、数量、质量、价款、履行期限、违约责任等。特别是涉及分公司与总公司之间的内部关系时，应清晰界定各自的责任范围，避免产生纠纷。
授权与代表：
- 签订三方协议时，需确保各方代表具有合法的授权。对于分公司而言，通常需由总公司出具授权委托书，明确分公司代表的权限范围。否则，可能因无权代理而导致协议效力待定或无效。
三、可能存在的风险及防范措施
合同履行风险：
- 在三方协议履行过程中，可能因各种原因（如市场变化、政策调整等）导致合同无法履行或履行不符合约定。为防范此类风险，建议在协议中约定违约责任条款，并明确争议解决方式（如仲裁或诉讼）。
法律适用与管辖风险：
- 三方协议可能涉及不同地区的法律适用和管辖问题。为避免法律冲突和管辖争议，建议在协议中明确约定法律适用条款和管辖法院或仲裁机构。
四、具体操作建议
审查主体资格：
- 在签订三方协议前，对分公司、总公司及甲方的主体资格进行审查，确保其具备签订协议的合法资质。
完善协议条款：
- 制定详细、明确的三方协议条款，涵盖各方权利义务、违约责任、争议解决等内容。必要时，可咨询专业律师进行协议起草和审查。
办理授权手续：
- 确保分公司代表具有合法的授权，并办理相关授权手续（如授权委托书）。对于总公司而言，也需确认其代表具有签订协议的权限。
总结来看，主体变更后分公司与总公司及甲方可以签订三方协议，但需满足法律层面的可行性要求，并注意实际操作中的事项和风险防范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。