村民代表会同意并不能直接使集体土地转让用于非农建设合法，关键在于是否遵循了法律规定的程序和条件。以下是对此问题的详细分析：
一、集体土地转让用于非农建设的法律限制
集体土地用途限制：集体土地属于农村集体所有，其用途受到严格限制，主要用于农业生产等集体内部事务。一般情况下，集体土地使用权不得转让用于非农业建设。
法定条件：若要将集体土地转让用于非农建设，如兴办企业或与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业，必须满足法定条件。这包括经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。
二、村民代表会同意的作用与限制
村民代表会的角色：村民代表会作为村民自治组织，在集体土地转让等重大事项上具有决策权。其同意是集体土地转让程序中的重要一环。
同意的局限性：然而，村民代表会的同意并不等同于法律上的批准。即使村民代表会同意转让集体土地用于非农建设，如果未经过乡（镇）人民政府的批准，或者不符合土地利用总体规划、城乡规划和产业规划等相关规划，该转让行为仍然是不合法的。
三、非法转让集体土地的法律后果
行政处罚：如果未经法定程序擅自将集体土地转让用于非农建设，可能面临土地违法行为的法律后果，如被责令拆除违法建筑、恢复土地原状等。
刑事责任：在严重情况下，非法转让集体土地还可能构成犯罪，相关责任人可能面临刑事处罚。
四、建议与注意事项
遵循法定程序：在转让集体土地用于非农建设时，务必遵循法律规定的程序和条件，确保转让行为的合法性。
保护村民权益：在转让过程中，应充分保护村民的知情权、参与权和收益权，确保转让行为的公正性和透明度。
咨询专业律师：由于集体土地转让涉及复杂的法律问题和程序，建议在转让前咨询专业律师，以确保转让行为的合法性和有效性。
举例说明：假设某村计划将一块集体土地转让给一家企业用于建设工厂。在此情况下，即使村民代表会同意转让，但如果未经过乡（镇）人民政府的批准，或者该土地不符合土地利用总体规划等相关规划，那么该转让行为仍然是不合法的。因此，在转让集体土地时，务必遵循法律规定的程序和条件。
综上所述，村民代表会同意并不能直接使集体土地转让用于非农建设合法。在转让过程中，应严格遵循法律规定的程序和条件，以确保转让行为的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。