在存在仲裁条款的情况下，债权人仍然有权向人民法院申请支付令，但需满足特定条件且不违反仲裁协议的排他性。以下是对此问题的详细分析：

一、支付令的申请条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人请求债务人给付金钱、有价证券，若符合以下条件，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：

1. 债权人与债务人没有其他债务纠纷：即债权人与债务人之间的债权债务关系明确，不存在其他争议。
2. 支付令能够送达债务人：支付令必须能够直接送达债务人，以确保债务人能够收到并知晓支付令的内容。

二、仲裁条款与支付令的关系

1. 仲裁条款的排他性：仲裁条款是双方自愿达成的，将争议交由仲裁机构解决的协议。一旦约定了仲裁条款，通常意味着排除了法院对该纠纷的管辖权。但这并不直接排除债权人申请支付令的权利，因为支付令程序并不涉及对争议事项的实质审理。
2. 支付令程序的性质：支付令程序是一种督促债务人履行债务的简易程序，其目的并非解决争议，而是快速实现债权。因此，在不影响仲裁协议效力的前提下，债权人可以申请支付令以加速债权的实现。

三、特殊情况下的处理

1. 仲裁协议无效或被撤销：如果仲裁协议因无效或被撤销等原因失去效力，那么债权人就可以向人民法院申请支付令，因为此时已经不存在有效的仲裁协议来排除法院的管辖权。
2. 债务人未提出书面异议：即使双方存在仲裁协议，但如果债权人申请了支付令，而债务人在法定期间内未提出书面异议，那么支付令也可以生效。这是因为债务人未提出异议，视为其默认了支付令的内容。

四、法律建议

1. 仔细审查仲裁协议：在申请支付令前，债权人应仔细审查仲裁协议的具体内容，以确保申请支付令不会违反仲裁协议的排他性。
2. 确保符合支付令申请条件：债权人应确保自身情况符合支付令的申请条件，如债权人与债务人之间没有其他债务纠纷、支付令能够送达债务人等。
3. 咨询专业律师：如果债权人对仲裁协议或支付令程序存在任何疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。

举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并约定了仲裁条款。后因乙公司未按时支付货款，甲公司欲向乙公司追讨货款。此时，甲公司可以先向有管辖权的基层人民法院申请支付令，要求乙公司支付货款。如果乙公司在法定期间内未提出书面异议，那么支付令将生效，甲公司可以据此向人民法院申请执行。当然，如果乙公司提出了书面异议或者仲裁协议存在无效等情形，那么甲公司可能需要通过仲裁程序来解决纠纷。

综上所述，虽然存在仲裁条款，但债权人在符合条件下仍然有权向人民法院申请支付令。不过，债权人在行使该权利时，应确保遵守相关法律法规和程序要求，以避免不必要的法律风险。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。