关于程序员仲裁输了公司赔两万是否合理的问题，这并没有一个绝对的答案，而是需要结合具体情况来分析。以下是我从不同角度给出的详细解答：

一、仲裁裁决的合理性基础

1. 仲裁依据：

   • 仲裁裁决的合理性首先取决于仲裁庭所依据的法律法规、劳动合同以及公司规章制度等。如果仲裁庭在裁决时严格遵循了这些依据，并且裁决结果与依据相符，那么赔偿两万可能是合理的。

2. 证据充分性：

   • 仲裁过程中，双方都需要提供充分的证据来支持自己的主张。如果程序员在仲裁中未能提供足够的证据来证明自己的损失或公司的过错，而公司则提供了相对充分的证据，那么仲裁庭可能基于现有证据作出赔偿两万的裁决。

二、可能影响赔偿金额的因素

1. 损失程度：

   • 赔偿金额通常与程序员的损失程度密切相关。如果程序员的损失确实只有两万左右，那么仲裁庭裁决公司赔偿两万是合理的。但如果程序员的损失远大于两万，而仲裁庭仅裁决赔偿两万，则可能存在不合理之处。

2. 公司过错程度：

   • 公司的过错程度也是影响赔偿金额的重要因素。如果公司的过错较轻，且对程序员的损失影响有限，那么仲裁庭可能裁决较低的赔偿金额。反之，如果公司的过错严重，且对程序员的损失造成了较大影响，那么仲裁庭可能裁决更高的赔偿金额。

3. 双方协商情况：

   • 在仲裁过程中，双方也可能进行协商以达成和解。如果双方在协商过程中达成了赔偿两万的协议，并且该协议被仲裁庭采纳，那么赔偿两万就是合理的。

三、对仲裁结果有异议时的应对措施

1. 申请撤销仲裁裁决：

   • 如果程序员认为仲裁裁决存在不合理之处，可以在规定的时间内向法院申请撤销仲裁裁决。但需要注意的是，申请撤销仲裁裁决需要满足一定的条件，如仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序、裁决所根据的证据是伪造的等。

2. 提起诉讼：

   • 如果程序员对仲裁结果仍然不满意，并且认为自己的权益受到了侵害，还可以选择向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将重新审理案件，并作出新的判决。

建议：

• 如果你对仲裁结果有异议，建议先仔细审查仲裁裁决书，了解仲裁庭作出裁决的依据和理由。
• 如果认为裁决存在不合理之处，可以及时咨询专业律师（比如我，章加辉律师，专注于交通事故、合同纠纷、劳动纠纷等领域），了解申请撤销仲裁裁决或提起诉讼的具体流程和注意事项。
• 在未来的工作中，也要注意保留相关证据，以便在发生纠纷时能够充分维护自己的权益。

最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，因此无法简单地判断仲裁输了公司赔两万是否合理。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。