法院判决后，用人单位代扣代缴劳动者的工资薪酬个人所得税是合法的。以下从法律角度进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条，工资、薪金所得属于应当缴纳个人所得税的范围。同时，该法第九条第一款明确规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”这意味着，当用人单位向劳动者支付工资、薪金等所得时，用人单位作为扣缴义务人，有义务代扣代缴劳动者的个人所得税。
二、代扣代缴的合法性
法定义务：用人单位代扣代缴个人所得税是其法定义务，必须履行。这一义务不因法院判决支付工资薪酬而免除。相反，当生效法律文书确定用人单位需向劳动者支付工资、补偿金等款项时，用人单位更应依法履行代扣代缴义务。
税款来源：用人单位代扣代缴的税款本质上是劳动者应当向国家缴纳的税款。因此，这部分税款应当来源于劳动者应得的工资薪酬。用人单位代扣代缴后，应将剩余金额支付给劳动者。
视为履行判决：用人单位代扣代缴的个人所得税税款，应当视为是其履行生效法律文书所确定的给付款项的组成部分。这意味着，在执行过程中，用人单位可以向法院出示税务机关出具的完税凭证，以证明其已依法履行代扣代缴义务，并已将剩余款项支付给劳动者。
三、实际操作建议
明确约定：为预防此类纠纷，建议用人单位在与劳动者签订劳动合同时，明确约定工资、奖金等构成是否含税。这样可以在后续执行过程中减少争议。
保留证据：在执行过程中，用人单位应妥善保管税务机关出具的完税凭证以及剩余款项已支付至劳动者账户的转账凭证等证据材料。这些证据材料可以证明用人单位已依法履行代扣代缴义务，并已将剩余款项支付给劳动者。
四、可能产生的法律后果
如果用人单位未依法履行代扣代缴义务，可能会面临以下法律后果：
税务处罚：税务机关可能对用人单位进行税务处罚，包括罚款、加收滞纳金等。
劳动争议：劳动者可能因此与用人单位产生劳动争议，要求用人单位支付应代扣代缴的税款及可能产生的损失。
执行异议：在执行过程中，如果用人单位未依法履行代扣代缴义务，可能会面临劳动者的执行异议申请，导致账户被冻结等不利后果。
总结与建议：
法院判决后，用人单位代扣代缴劳动者的工资薪酬个人所得税是合法的，且是其法定义务。为预防纠纷和减少争议，建议用人单位在与劳动者签订劳动合同时明确约定工资构成是否含税，并在执行过程中妥善保管相关证据材料。如果用人单位在代扣代缴个人所得税方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。