结论前置：行政机关在法院诉讼期间又作出行政处罚是否合法，需结合具体情形判断。若行政处罚与限期拆除决定无直接关联且程序合法，则可能合法；若存在重复处罚、程序违法或违反“一事不再罚”原则，则可能不合法。
一、行政处罚与限期拆除决定的关系
独立性与关联性：
- 行政处罚与限期拆除决定可能是两个独立的行政行为。限期拆除决定要求当事人限期拆除违法建筑，而行政处罚可能针对当事人的其他违法行为（如未取得建设工程规划许可证进行建设）进行罚款或其他处罚。
- 若行政处罚与限期拆除决定针对同一违法行为，且行政处罚实质上是对限期拆除决定的重复或变相执行，则可能违反“一事不再罚”原则，即对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
诉讼期间的行为效力：
- 在当事人对限期拆除决定提起诉讼期间，行政机关原则上应暂停执行该决定，除非符合法律规定的例外情形（如不执行可能造成国家利益、公共利益重大损失）。
- 若行政机关在诉讼期间又作出行政处罚，且该处罚与限期拆除决定紧密相关，可能被视为对原行政行为的变相执行或重复处罚，从而引发合法性争议。
二、行政处罚的合法性判断
程序合法性：
- 行政处罚必须遵循法定程序，包括调查取证、告知陈述申辩权利、举行听证（如当事人要求）、作出处罚决定并送达等。
- 若行政机关在作出行政处罚时未遵循法定程序，如未告知当事人陈述申辩权利或未举行听证，则该处罚可能因程序违法而被撤销。
实体合法性：
- 行政处罚必须基于明确的法律依据，且处罚种类、幅度必须与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。
- 若行政机关作出的行政处罚缺乏法律依据或处罚明显不当，则该处罚可能因实体违法而被撤销。
“一事不再罚”原则的适用：
- 若行政处罚与限期拆除决定针对同一违法行为，且行政处罚实质上是对限期拆除决定的重复或变相执行，则可能违反“一事不再罚”原则。
- 在此情况下，当事人可以主张行政处罚违法，并要求撤销或变更该处罚。
三、法律建议
审查行政处罚决定书：
- 当事人应仔细审查行政处罚决定书，了解处罚的依据、种类、幅度以及作出处罚的程序。
- 若发现处罚决定存在程序违法或实体违法情形，可以及时提出异议或申请行政复议。
咨询专业律师：
- 鉴于行政处罚的合法性判断涉及复杂的法律问题和事实认定，建议当事人咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
- 作为专业律师，我可以为当事人提供全面的法律分析和建议，帮助当事人维护自身合法权益。
积极应对诉讼：
- 若当事人已对限期拆除决定提起诉讼，应积极应对诉讼过程，提交相关证据材料以支持自己的主张。
- 在诉讼期间，若行政机关又作出行政处罚，当事人可以及时向法院提出异议或申请中止执行原限期拆除决定。
举例说明：假设行政机关对某违法建筑作出限期拆除决定，当事人在法定期限内提起诉讼。在诉讼期间，行政机关又以当事人未取得建设工程规划许可证为由作出罚款处罚。若该罚款处罚与限期拆除决定针对同一违法行为，且罚款实质上是对限期拆除决定的变相执行或重复处罚，则该罚款处罚可能因违反“一事不再罚”原则而被撤销。
总结：行政机关在法院诉讼期间又作出行政处罚是否合法，需结合具体情形判断。当事人应仔细审查行政处罚决定书，咨询专业律师以获取法律意见，并积极应对诉讼过程以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。