结论：若要将哥哥应得的部分明确写入相关权益文件，可通过协商变更拆迁协议、签订财产分割协议并公证、提起确权诉讼这几种主要途径来实现，以下为详细说明。

核心前提

兄弟两人对于拆迁房存在权益分配问题，目前拆迁协议仅登记在弟弟名下，但哥哥认为自身也应享有部分权益。

具体途径

1. 协商变更拆迁协议
   • 操作方式：兄弟两人可以就拆迁房的权益分配进行友好协商，达成一致意见后，共同向拆迁部门提出变更拆迁协议的申请，将哥哥应得的部分明确写入新的拆迁协议中。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。拆迁协议本质上也是一种合同，在双方自愿、平等的基础上，可以对协议内容进行变更。
   • 注意事项：协商过程中要确保双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。同时，变更协议可能需要满足拆迁部门的相关规定和程序要求，比如提供必要的证明材料等。
2. 签订财产分割协议并公证
   • 操作方式：如果无法直接变更拆迁协议，兄弟两人可以签订一份财产分割协议，明确哥哥在拆迁房中所占的份额。为了增强协议的证明力和执行力，建议将该协议进行公证。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》规定，民事主体可以依法设立、变更、终止民事法律关系。兄弟两人作为民事主体，有权通过签订协议的方式对财产进行分割。公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动，经过公证的协议具有更强的证据效力。
   • 注意事项：财产分割协议的内容要具体、明确，包括拆迁房的基本信息、哥哥所占的份额、权益的实现方式等。公证时，双方需要提供身份证明、拆迁协议等相关材料。
3. 提起确权诉讼
   • 操作方式：如果通过协商和签订协议的方式无法解决问题，哥哥可以向人民法院提起确权诉讼，请求法院确认其在拆迁房中的权益份额。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定，作出判决。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，公民、法人或者其他组织认为自己的民事权益受到侵害，有权向人民法院提起诉讼。在确权诉讼中，法院会对拆迁房的权属进行审查和判断，以确定哥哥是否享有相应的权益。
   • 注意事项：哥哥需要提供充分的证据证明自己对拆迁房享有权益，比如出资证明、与弟弟之间的约定等。诉讼过程可能比较复杂和漫长，需要耗费一定的时间和精力。