违反《土地管理法》第六十条规定的处罚，主要依据违法行为的性质和情节严重程度来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定概述
《土地管理法》第六十条主要规定了农村集体经济组织使用乡（镇）土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或者与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业的相关要求。若违反该规定，即未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地兴办企业或者进行其他建设活动的，将面临法律处罚。
二、处罚措施
责令退还非法占用的土地：
- 这是对非法占用土地行为的首要处罚措施，旨在恢复土地的原状，防止土地资源的进一步浪费和破坏。
限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状：
- 对于已经非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，相关部门将责令限期拆除，并恢复土地原状。这是为了纠正违法行为，保护土地资源的合理利用。
罚款：
- 根据违法行为的情节严重程度，相关部门还可以对非法占用土地的单位和个人处以罚款。罚款的数额通常根据非法占用土地的面积、违法行为的性质以及造成的后果等因素来确定。具体罚款标准可能因地区和政策的不同而有所差异，但一般都会明确罚款的上下限。例如，非法占用土地的，可以并处每平方米一定金额（如30元以下）的罚款，具体数额需根据地方性法规或政府规章来确定。
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分：
- 如果非法占用土地的行为是由单位实施的，那么除了对单位进行处罚外，还可以对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
三、特殊情况下的处罚
- 构成犯罪的，依法追究刑事责任：
- 如果非法占用土地的行为情节严重，构成犯罪的，那么将依法追究刑事责任。这通常指的是非法占用农用地罪等严重违法行为。
四、法律建议
严格遵守土地管理法规：
- 无论是个人还是单位，在使用土地时都应严格遵守土地管理法规，确保土地的合法使用。
及时咨询专业律师：
- 如果对土地管理法规有疑问或遇到相关法律问题，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律解答。
积极配合相关部门调查：
- 如果因非法占用土地而受到相关部门的调查，应积极配合调查工作，如实说明情况，争取从轻或减轻处罚。
综上所述，违反《土地管理法》第六十条规定的处罚措施包括责令退还非法占用的土地、限期拆除新建的建筑物和其他设施、罚款以及对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分等。在特殊情况下，如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，建议严格遵守土地管理法规，避免违法行为的发生。