结论：公司因自身损失扣您一千元是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。
一、若公司扣款行为缺乏合法依据，则构成违法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 以及《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”
分析：
- 若公司因自身损失而扣您一千元，且该扣款不属于上述法律规定的可以代扣工资的情形，那么公司的行为就构成了违法克扣工资。
- 违法克扣工资不仅损害了您的合法权益，还可能面临劳动行政部门的处罚。
二、若公司扣款行为有合法依据，则可能不违法
可能的情况：
- 如果您与公司之间有明确的约定，比如您因个人过失或故意行为导致公司损失，且双方约定了相应的赔偿责任，那么公司根据约定扣款可能是合法的。
- 另外，如果公司能够证明您的行为确实导致了公司损失，并且扣款金额与损失金额相当，那么在某些情况下，公司也可能有权要求您承担部分或全部损失。
分析：
- 在这种情况下，扣款行为是否合法取决于双方之间的约定以及公司能否证明损失与您的行为之间的因果关系。
- 如果公司能够提供充分的证据证明其扣款行为的合法性，那么该行为可能不构成违法。
三、建议与后续行动
核实扣款依据：
- 首先，您需要核实公司扣款的依据是什么，是否属于法律规定的可以代扣工资的情形，或者是否有与您之间的明确约定。
与公司沟通：
- 如果您认为公司的扣款行为不合法，可以与公司进行沟通，要求公司说明扣款的具体原因和依据，并尝试协商解决。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动行政部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例：假设您因工作疏忽导致公司损失了一笔订单，公司因此扣了您一千元作为赔偿。如果双方之前没有约定过赔偿责任，且公司无法证明损失与您的行为之间的直接因果关系，那么公司的扣款行为就可能构成违法。在这种情况下，您可以与公司沟通，要求公司退还扣款，或者向劳动行政部门投诉。
总结：公司因自身损失扣您一千元是否违法，取决于扣款行为是否有合法依据。如果您对公司的扣款行为有疑问或不满，建议及时与公司沟通并寻求法律援助。如果您还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，也可以直接向我咨询。