针对企业当事人在程序中出现违规行为的处罚问题，核心结论需结合违规类型、情节严重性及法律适用具体分析。以下是分情况说明：

1. 行政处罚层面
   若企业违反行政程序性规定（如未依法履行备案、审批、公示等义务），行政机关可依据《行政处罚法》及相关行业法规作出处罚。常见形式包括：

   • 警告：针对轻微违规，如未按时提交年度报告；
     
   • 罚款：根据违规情节设定金额（如《公司登记管理条例》规定，虚报注册资本可处虚报金额5%-15%罚款）；
     
   • 责令改正：要求限期补正程序（如未公示企业信息需在10日内完成）；
     
   • 吊销许可证/营业执照：严重违规（如伪造审批文件）可能导致经营资格丧失。
     关键点：行政处罚需遵循“过罚相当”原则，处罚决定书应载明违法事实、依据及救济途径。

2. 刑事责任层面
   若程序违规涉及刑事犯罪（如伪造公文、骗取审批），可能触犯《刑法》相关条款：

   • 伪造公司、企业印章罪（《刑法》第280条）：处3年以下有期徒刑；
     
   • 骗取贷款罪（《刑法》第175条）：若通过虚假程序获取银行贷款，数额较大可处3-7年有期徒刑；
     
   • 单位犯罪：企业直接负责的主管人员和其他责任人员可能被追责。
     关键点：刑事立案需达到“情节严重”标准，司法机关会综合主观故意、后果严重性等因素认定。

3. 民事赔偿层面
   若程序违规导致第三方损失（如未履行合同报批义务导致交易无效），企业可能承担：

   • 缔约过失责任：赔偿对方因信赖程序合法而产生的损失；
     
   • 违约责任：若违规构成合同条款违反，需按约定支付违约金或赔偿实际损失。
     关键点：民事赔偿以“填平原则”为限，需证明损失与违规行为存在直接因果关系。

4. 信用惩戒层面
   根据《企业信息公示暂行条例》，严重程序违规可能被列入“经营异常名录”或“严重违法失信企业名单”，导致：

   • 政府采购、招投标受限；
     
   • 银行贷款审批难度增加；
     
   • 企业法定代表人任职限制（如3年内不得担任其他企业高管）。
     

建议行动：

• 企业应立即自查违规程序，评估法律风险等级；
  
• 收集证据证明主观无故意或已采取补救措施（如部分地区对“首次轻微违法”免罚）；
  
• 主动与监管部门沟通，争取从轻或减轻处罚。
  

如有具体违规情形（如税务申报逾期、环保审批造假等），可进一步说明细节，我将结合领域法规提供针对性分析。