员工请假调休加班是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、工时制度的影响
标准工时制
- 工作日加班：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬，不能通过调休替代。
- 休息日加班：若用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。但若能安排补休，则调休是合法的。
- 法定休假日加班：无论能否安排补休，用人单位都必须支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，不能用调休替代。
综合计算工时制
- 在综合计算周期内，若总实际工作时间未超过法定标准工作时间，则超时部分视为延长工作时间，应支付加班费，不存在单独调休问题。
- 若在法定休假日工作，同样应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，不能用调休替代。
不定时工时制
- 一般不执行加班工资规定，不存在加班调休问题。但部分地区对法定休假日加班有特别规定，需按当地法律执行。
二、双方约定的作用
- 根据《劳动法》，如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了加班可以换算为调休，并且这种换算方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。但法定节假日的加班费不能用调休替代，这是法律的强制性规定。
三、实际操作建议
- 明确约定：用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确约定加班和调休的相关事宜，包括适用哪种工时制度、加班费的支付方式、调休的具体安排等，以避免后续纠纷。
- 遵守法规：双方都应严格遵守相关法律法规的规定，确保加班和调休的合法性。特别是用人单位，不能试图通过调休来规避支付法定节假日的加班费。
- 合理调休：用人单位在安排调休时，应遵循合理性原则，不得影响员工的正常生活、就医等必要事务。
四、可能的法律后果
- 如果用人单位违反法律规定，未支付加班费或违规安排调休，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的赔偿金。
总结来看，员工请假调休加班是否合法，取决于工时制度、双方约定以及是否涉及法定节假日等因素。在实际操作中，建议用人单位和劳动者遵循上述建议，以确保加班和调休的合理安排和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。