员工主动提出辞职时，需要办理的手续主要包括以下几个步骤，这些步骤旨在确保离职过程的合法性和顺畅性，同时保护员工和用人单位的双方权益：

一、提前通知用人单位

根据《劳动法》的相关规定，员工在主动提出辞职时，一般需要提前三十天以书面形式通知用人单位。这一步骤至关重要，因为它给予了用人单位足够的时间来安排工作交接和寻找替代人员，从而避免因员工突然离职而给公司带来的不便和损失。如果员工未提前通知，虽然用人单位不能实质上扣减工资或要求经济补偿金，但可能会拒绝办理退工手续，进而影响员工后续的档案转移、社会保险和公积金缴纳以及新单位的录用等事宜。

二、提交辞呈并获取收条

员工在提交辞呈时，应确保用人单位收到并出具收条。辞呈是法律上解除劳动合同的通知，其重要性不容忽视。如果员工仅提交辞呈而未获取收条，可能会面临用人单位以“无故旷工”为由进行除名的风险，导致档案上留下不光彩的记录。因此，为了保障自己的权益，员工在提交辞呈时应要求用人单位出具收条，或者通过寄挂号信的方式提交，并保存好寄信凭证作为证据。

三、办理工作交接

对于担任重要职务的员工，如项目主管、财务会计等，离职时需要进行详细的工作交接。这包括将原公司的一些资料、物品移交给继任者，并确保交接过程的完整性和准确性。工作交接的不好可能会引发职务侵占等刑事问题，因此员工应认真对待这一步骤，确保交接工作的顺利进行。

四、办理退工手续

退工手续是员工离开单位时必须办理的重要环节。只有办理了退工手续，员工才能去转移档案、社会保险和公积金等，并去新的单位办理录用。如果用人单位拖延办理退工手续，员工有权要求其承担因此造成的损失，并在失业期间获得最低生活保障费用。因此，员工在离职时应监督用人单位及时办理退工手续，必要时可以采取法律手段维护自己的权益。

五、注意违约金问题

在离职过程中，员工还需要注意违约金的问题。如果劳动合同中没有约定违约金，或者约定的违约金不符合法律法规的规定（如上海市地方规定除涉及商业秘密或服务期外不得设立违约金），则员工无需支付违约金。如果用人单位要求员工支付违约金，员工应仔细审查劳动合同中的相关条款，并咨询专业人士的意见。

综上所述，员工在主动提出辞职时，需要提前通知用人单位、提交辞呈并获取收条、办理工作交接、办理退工手续以及注意违约金问题。这些步骤的完成将有助于确保离职过程的合法性和顺畅性，同时保护员工和用人单位的双方权益。