有仲裁公司债务的情况下，法院本身不会直接判决注销公司，但公司若满足法定注销条件并完成清算程序，理论上可以注销，不过需妥善处理仲裁涉及的债务问题，否则可能面临法律责任。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司注销的法定程序与仲裁债务的处理
公司注销的法定程序：
- 公司注销需进行清算，包括编制资产负债表和财产清单，通知、公告债权人，并清偿债务或者提供相应担保。
- 清算过程中，必须依法处理所有债务，包括仲裁涉及的债务。
仲裁债务的处理：
- 若公司在仲裁期间或仲裁后决定注销，必须确保仲裁涉及的债务得到妥善处理。
- 这可能包括与债权人达成和解、提供担保或按照仲裁裁决履行义务。
二、公司注销后仲裁债务的法律责任
清算责任：
- 若公司在清算时隐瞒或虚报资产、债务等重要事项，债权人有权要求相关责任人（如股东、董事、控股股东或实际控制人）承担赔偿责任。
- 即便公司完成注销登记，若存在应清算未清算、清算违法等情形，相关责任人仍需对公司债务承担清偿责任。
恶意注销的法律后果：
- 若公司恶意注销以逃避仲裁责任，情节严重的，相关责任人可能面临妨碍司法秩序等方面的处罚。
- 债权人可向仲裁委或法院申请变更责任主体，要求上述应担责主体承担相应法律责任。
三、实际操作中的建议与注意事项
依法清算：
- 公司若决定注销，必须严格按照法定程序进行清算，确保所有债务得到妥善处理。
- 特别是仲裁涉及的债务，必须与债权人协商解决或按照仲裁裁决履行。
避免恶意注销：
- 公司不得通过恶意注销来逃避法律责任，否则将面临严重的法律后果。
- 债权人应密切关注公司的注销动态，及时采取法律措施维护自身权益。
咨询专业律师：
- 在处理涉及仲裁债务的公司注销问题时，建议咨询专业律师以获取法律指导。
- 律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助公司或债权人妥善处理相关问题。
举例说明：假设某公司因经济纠纷被仲裁要求赔偿债务，同时公司决定注销。在此情况下，公司必须首先进行清算，并确保仲裁涉及的债务得到妥善处理。若公司未经合法清算即注销，债权人可以依法要求公司股东等相关责任人承担清偿责任。因此，公司在注销前必须依法处理所有债务，包括仲裁涉及的债务，以避免后续法律风险。
综上所述，有仲裁公司债务的情况下，公司若满足法定注销条件并完成清算程序，理论上可以注销。但务必妥善处理仲裁涉及的债务问题，否则可能面临法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。