结论：有仲裁官司的公司理论上可以注销，但在实际操作中需严格遵循法律规定，妥善处理仲裁事项，以确保不损害相关方的合法权益。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律框架与基本原则

根据《市场主体登记管理条例》及《公司法》等相关法律法规，公司只要履行了清算等法定程序，即可向登记机关申请注销登记。仲裁程序的存在并不直接构成公司注销的法律障碍，但公司在注销前必须依法处理所有未了的债权债务，包括尚未解决的仲裁案件。

二、注销过程中涉及仲裁的具体问题及影响

1. 清算义务与责任

   • 公司在决定注销时，必须成立清算组进行清算，清理公司的全部债权债务。清算组需特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。
   • 如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任。例如，若因隐瞒仲裁案件导致债权人无法获得应有的赔偿，清算组成员可能需要以个人财产承担赔偿责任。

2. 仲裁权利义务的承继

   • 公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。
   • 在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任。此时，仲裁程序可能会将相关责任主体变更为这些承继者继续进行。例如，公司作为被申请人欠付供应商货款，在仲裁过程中公司注销，若供应商能证明公司未依法清算，可能会要求股东承担还款责任，仲裁程序也会相应变更被申请人继续审理。

3. 不同情况下的处理方式

   • 如果公司作为被申请人，有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。比如，公司因建设工程施工合同纠纷被承包商申请仲裁，在公司注销前，应与承包商协商解决纠纷，或者等待仲裁结果出来并履行相应义务后再进行注销。
   • 如果公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。例如，公司因民间借贷纠纷向借款人提起仲裁，在仲裁期间公司可以按照法定程序进行清算，但清算过程中要确保仲裁程序的正常进行，不能因清算影响仲裁维权。

三、操作建议与风险提示

1. 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。这样可以确保公司的债权债务得到彻底清理，避免因注销导致仲裁程序受阻或相关方权益受损。
2. 通知与公告：如果公司确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。例如，公司应在成立清算组后，及时将清算事宜通知仲裁机构和对方当事人，并在报纸等媒体上进行公告，公告期一般不少于45日。
3. 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。具体流程如下：
   • 成立清算组：公司应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。
   • 通知债权人：清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
   • 清理公司财产、编制资产负债表和财产清单：清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。
   • 制定清算方案：清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
   • 实施清算方案：清算组根据确认的清算方案分配公司财产，在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
   • 申请注销登记：公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

综上所述，有仲裁案件的公司在注销时需谨慎行事，确保遵守相关法律法规，妥善处理仲裁事项，以保护自身和他人的合法权益。如果你在这方面还有其他疑问，可以直接向我咨询。