结论：公司在存在未结仲裁案件的情况下，通常不可以直接进行注销。注销公司前必须确保所有法律事务，包括仲裁案件，已得到妥善处理。

一、公司注销的前提条件与仲裁案件的关系

根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关法律法规，公司在申请注销登记前，应当依法完成清算工作。清算的核心目的是清理公司的债权债务，了结公司未完成的业务。若公司存在未结的仲裁案件，则意味着尚有未了结的法律事务和潜在的债务风险。在此情况下，若贸然进行注销，将可能导致仲裁程序无法正常进行，进而损害债权人的合法权益。

举例说明：假设一家公司因合同纠纷被另一方提起仲裁，而在仲裁过程中，该公司决定注销。如果此时注销，仲裁程序可能因一方主体消失而无法继续，导致另一方的合法权益无法得到保障。

二、注销过程中涉及仲裁的具体问题及影响

1. 清算义务与责任：

   • 公司在决定注销时，必须成立清算组进行清算，清理公司的全部债权债务。
   • 清算组需特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任。

2. 仲裁权利义务的承继：

   • 公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。
   • 若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任。

三、恶意注销的法律后果

如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任、被列入失信被执行人名单等。

法律后果具体说明：

• 股东责任承担：若公司在有未结仲裁案件的情况下，通过提交虚假材料或采取欺诈手段取得注销登记，登记机关有权责令改正，并处以罚款；情节严重者，罚款金额将更高。此外，公司的股东可能需对公司未了结的债务承担法律责任。
• 债权人权利救济：债权人在发现公司违法注销后，有权通过法律途径追究股东或相关责任人的责任。他们可以向法院提起诉讼，要求股东对公司债务承担清偿责任。

四、正确的处理方式

为确保合法合规地注销公司，并妥善处理未结仲裁案件，应遵循以下步骤：

1. 积极参与仲裁程序：公司应首先全力参与仲裁程序，努力解决争议事项，以确保仲裁结果尽快确定。
2. 履行仲裁结果：待仲裁结果明确后，公司应严格履行相应的义务，如支付赔偿款、履行合同等。
3. 进行清算：在仲裁案件了结后，公司应成立清算组进行清算工作，包括通知债权人申报债权、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案并经股东会或股东大会（或人民法院）确认。
4. 申请注销登记：在完成清算工作后，公司方可向登记机关申请注销登记。

总结与建议：公司在处理注销事宜前，必须确保所有仲裁案件和法律纠纷已得到妥善解决。这是保护债权人权益、维护市场秩序和遵守法律法规的必然要求。如果公司确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。同时，公司必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。